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Portail > Offres > Offre UMR7144-BARRAF-003 - Ingénieur de recherche en imagerie confocale et taxonomie du plancton marin (H/F)

Ingénieur de recherche en imagerie confocale et taxonomie du plancton marin (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7144-BARRAF-003
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : mercredi 17 juin 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 4 mois
Date d'embauche prévue : 1 août 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2437 et 3101 euros selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Cette mission de 4 mois fait partie du projet EMODnet (https://www.emodnet.eu) 'Biology' visant à intégrer et rendre public des gros jeux de données et métadonnées sur la distribution et l'abondance d'espèces ou groupes taxonomiques marins. Le candidat devra classifier taxonomiquement les jeux de données planétaires de microscopie confocale automatique obtenus lors des missions Tara Oceans, et appliquer des méthodes d'IA pour parvenir à une annotation taxonomique optimale.

Activités

-Classification des images 3D de plancton issues de la méthode eHCFM (https://elifesciences.org/articles/26066) développée dans la cadre des missions 'Tara Oceans'. La classification se fera sur la plateforme 'EcoTaxa' (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr), en combinant des annotations expertes aux techniques d'IA.
-Intégration des données sur la plateforme EMODnet pour mise à disposition de la communauté scientifique.

Compétences

Maîtrise de la microscopie confocale à balayage laser ; connaissance de la biodiversité du nano- et micro- plancton ; connaissance des méthodes de classification manuelle et automatique des eucaryotes marins ; maîtrise des outils informatiques d'imagerie.

Contexte de travail

Cette mission de 4 mois fait partie du projet EMODnet (https://www.emodnet.eu) 'Biology' visant à intégrer et rendre public des gros jeux de données et métadonnées sur la distribution et l'abondance d'espèces ou groupes taxonomiques marins. Elle s'intègre aussi dans le projet a long-terme 'Tara Oceans', et sera réalisée à la Station Biologique de Roscoff (UMR7144), en collaboration avec plusieurs membres du consortium 'Tara Oceans/GO-SEE -FR2022).

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