Missions

ATLASea est un programme focalisé sur la génomique de la biodiversité marine le long des côtes françaises. Piloté par le CNRS et le CEA, il inclut de nombreuses institutions partenaires en France et s'intègre dans un large contexte international. ATLASea va séquencer les génomes de 4500 espèces le long du littoral français en métropole et en outre-mer. Le programme s'étendant sur 8 ans, va échantillonner la biodiversité marine sous la coordination du MNHN à travers des expéditions et avec l'aide des stations marines. Le séquençage et l'assemblage des génomes seront réalisés au Genoscope sous la coordination de France Génomique, et les données seront gérées et analysées sous la coordination de l'Institut Français de BioInformatique (dans le cadre du projet BYTE-SEA). Des projets pilotes coordonnés par l'ANR proposeront à la communauté scientifique française d'exploiter ces données massives dans le contexte de l’analyse et de la synthèse de molécules marines, de l'écologie des espèces invasives, et de l'innovation.
En tant que partenaire du projet BYTE-SEA, dédié à la mise en place de l’infrastructure informatique du PEPR ATLASEA, la plate-forme GenOuest recrute un ingénieur développeur (H/F) pour contribuer au développement d’un système automatisé de création de portails web dédiés à l’exploration des données génomiques produites par le projet.
L'ingénieur développeur interviendra sur des pipelines d’intégration continue, sur des workflow de traitement et de validation de données, et sur l’intégration d’applications web existantes ou à créer. Il aura pour mission d’assurer le passage à l’échelle des solutions retenues pour l’intégration de plusieurs milliers de génomes. Enfin, il prendra une part active aux collaborations à l’échelle nationale et internationale dans le cadre du projet en participant activement aux réunions et ateliers.

Activités

Activités principales :
- Contribuer au développement du logiciel BEAURIS (https://gitlab.com/beaur1s)
- Assurer la maintenance et l’évolution des modules existants
- Intégrer de nouveaux modules de pré-traitement de données
- Intégrer de nouveaux composants web de visualisation de données
- Assurer la diffusion des données générées en respectant les principes FAIR et ceux de la science ouverte
- Assurer l’interconnexion avec des bases de données externes
- Assurer le passage à l’échelle (calcul, interfaçage web) de la solution existante pour plusieurs milliers de génomes
- Diffuser et valoriser des résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales
- Assurer une veille technologique
- Participer aux initiatives européennes et internationales autour du projet ATLASea et des projets internationaux partenaires (Earth BioGenome Project)

Activités associées :
- Présenter ses activités : webinars, réunions de travail en visio et en présentiel.
- Participer à l’assistance et au support utilisateur.
- Participer à l’organisation et à la réalisation de formations à l’utilisation des solutions mises en place

Compétences

- Maîtrise du langage Python en environnement Linux
- Maîtrise des technologies web (JavaScript, API REST)
- Connaissance et pratique de l'intégration continue, la distribution continue et le déploiement continu
- Connaissances des outils et technologies associées (GitLab CI, Docker, Ansible).
- Connaissances de base en systèmes de calcul HPC (Slurm, …)
- Culture du domaine (bioinformatique, génomique)
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir rédiger des documentations
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Capacité à travailler à distance.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités.
- Esprit d’équipe et sens de la collaboration.
- Capacité d’écoute et sens du contact.
- Capacité à apprendre et se former en continu dans un contexte scientifique en évolution rapide.
- Compétences dans les méthodes de développement et d’intégration continue
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe

Contexte de travail

Le poste est rattaché la plate-forme GenOuest, au sein du laboratoire de recherche informatique IRISA à Rennes. La plate-forme GenOuest est membre de l’Institut Français de Bioinformatique. Implantée dans la communauté bioinformatique depuis plus de 20 ans, GenOuest offre ses services à une large communauté de plus de 800 scientifiques et porte de nombreux projets de développements se focalisant sur le calcul, la reproductibilité des traitements et la gestion des données scientifiques.
L'ingénieur développeur travaillera en étroite collaboration avec les ingénieurs de la plateforme et les partenaires du programme (IFREMER-SeBiMer (Plouzané), ABiMS (Roscoff) , IFBcore (Paris) , ENS Ulm (Paris) , MNHN (Paris) et Genoscope (Evry).

Le poste proposé se situe sur le campus de Beaulieu à Rennes, avec déplacements à prévoir sur les sites des équipes d’accueil.
Poste à temps plein, 38h30 hebdomadaires avec RTT.
Durée de contrat : 12 mois renouvelables
Possibilité de télétravail à partir de 6 mois d'ancienneté.

A propos du laboratoire
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www.irisa.fr
L'IRISA est aujourd'hui l'un des plus grands laboratoires de recherche français (plus de 850 personnes) dans le domaine de l'informatique et des technologies de l'information. Structuré en sept départements scientifiques, l'IRISA est un laboratoire d'excellence dont les priorités scientifiques sont la bioinformatique, la sécurité des systèmes, les nouvelles architectures logicielles, la réalité virtuelle, l'analyse des big data et l'intelligence artificielle. Tourné vers l'avenir de l'informatique et nécessairement tourné vers l'international, l'IRISA est au cœur même de la transition numérique de la société et de l'innovation au service de la cybersécurité, de la santé, de l'environnement et de l'écologie, des transports, de la robotique, de l'énergie, de la culture et de l'intelligence artificielle.

Présentation du CNRS en tant qu'employeur : https://www.cnrs.fr/fr/le-cnrs
Présentation de l'IRISA comme laboratoire d'affectation : https://www.irisa.fr/umr-6074

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite éventuellement, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.