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Portail > Offres > Offre UMR5168-GILCUR-002 - Ingénieur en biologie H/F

Ingénieur en biologie H/F


Date Limite Candidature : lundi 12 décembre 2022

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Informations générales

Référence : UMR5168-GILCUR-002
Lieu de travail : GRENOBLE
Date de publication : lundi 21 novembre 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : de 2213€ à 2335€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Au sein de l'équipe d'accueil, la mission de la personne recrutée consistera à prendre en main des modèles métaboliques de plantes et microalgues publiés afin d'évaluer la qualité de leurs prédictions en regard de résultats expérimentaux connus et d'améliorer les prédictions en implémentant les modèles par les connaissances disponibles en interne. Le travail de modélisation sera centré sur les échanges énergétiques entre les deux organelles producteurs d'énergie de la cellule végétale, le chloroplaste et la mitochondrie, (voir par exemple Shameer et al 2019 PMID:31213510). L'objectif sera aussi d'utiliser les modèles de manière à concevoir des expériences sur la base de prédictions non triviales.

Activités

Importer et utiliser les modèles métaboliques de type GSMM publiés.
Développement principalement en Python, mettant en jeu des librairies open-source de bioinformatique (ex. CobraPy, Cameo, Escher, Memote) et des modules de manipulation de données (pandas, numpy etc.)
Comparer prédictions et résultats expérimentaux connus
Améliorer les modèles en les implémentant par des connaissances disponibles en interne (photosynthèse, respiration, métabolisme central). Identifier des données manquantes pouvant être produites en interne.
Aider à concevoir des expériences sur la base de prédiction non triviales dans le but de les valider.
Améliorer l'outil ChloroKB (base de connaissance du métabolisme d'Arabidopsis thaliana en open access http://www.Chlorokb.fr) en tant que ressource pour la communauté modélisatrice (compatibilité de l'export xml).
Transférer les compétences en modélisation vers du personnel de l'équipe (concepts, gestion des logiciels, simulations, visualisation des résultats de simulation).

Compétences

Compétences techniques :
-maîtrise des outils de la modélisation métabolique du type Flux Balance Analysis et logiciels associés.
-programmation Python
-Une connaissance du métabolisme de la plante n'est pas requise, celle-ci étant disponible en interne mais de bonnes connaissances en biologie et en biochimie sont attendues.


Compétences comportementales :
- goût du travail en équipe
- goût pour la pluridisciplinarité, capacité à comprendre et mettre en relations des concepts physiques, biologiques et mathématiques.
-capacité de communication et de pédagogie vis-à-vis des biologistes

Contexte de travail

La personne recrutée intégrera l'équipe Lumière, Photosynthèse & Métabolisme constituée d'une quinzaine de personnes et qui s'intéresse en particulier aux échanges énergétiques entre le chloroplaste et la mitochondrie chez les plantes supérieures et les microalgues. Le (la) candidat(e) sélectionné(e) travaillera en étroite collaboration avec Gilles Curien (Chargé de recherche CNRS), avec Giovanni Finazzi (Directeur de l'équipe et lauréat d'un projet ERC, projet ChloroMito) et pourra interagir avec une doctorante travaillant sur un projet de modélisation du métabolisme de Microchloropsis gaditana. L'équipe a une expertise très forte dans le domaine du métabolisme de la plante modèle Arabidopsis acquise dans le cadre du Projet de base de connaissance ChloroKB (http://www.chlorokb.fr) ainsi que dans l'étude de la photosynthèse.
L'équipe d'accueil fait partie du Laboratoire de Physiologie Cellulaire et Végétale (LPCV, UMR5168) qui est une unité Mixte de recherche CNRS-Université Grenoble Alpes-CEA-INRA composée d'une centaine de collaborateurs, implantée au CEA sur le Polygone Scientifique à Grenoble.

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