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Ingénieur Dev/Ops : Interface pour la visualisation et l'analyse des données génomiques des observatoires marins H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : mardi 1 décembre 2020

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Informations générales

Référence : FR2424-BARRAF-005
Lieu de travail : ROSCOFF
Date de publication : mardi 10 novembre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 février 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2 206.09 € et 2 351.51 € brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+4
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

La mission comprend : (I) La finalisation du cahier des charges en collaboration avec les équipes participantes de Roscoff, Brest, Nantes, Evry et Marseille. (II) Le développement des pipelines d'analyse, de l'interface de l'application web et des outils d'accompagnement, (III) La contribution à la diffusion de l'application par la participation à l'organisation de sessions de formation.

Activités

- Développement de l'application web
- Développement de la base de données
- Développement d'un pipeline d'analyse des données

Compétences

- Expérience préalable dans le développement d'applications web (Django, Javascript, JQuery, HTML5, CSS)
- Des compétences éprouvées en matière de développement de logiciels Python
- Connaissances en matière de script R
- La connaissance du développement du PHP sera appréciée
- Etre minutieux et organisé
- De bonnes compétences en matière de rédaction et de communication en anglais sont attendues, ainsi que des capacités de travail en équipe.
- Une expérience préalable dans le développement d'outils de visualisation de données basés sur le Web est requise.
- Une expérience professionnelle dans le domaine de la bioinformatique (analyse de données génomiques) et/ou de l'écologie sera appréciée

Contexte de travail

Le but de ce projet est de fournir aux équipes de recherche impliquées dans le traitement et l'analyse des données des observatoires génomiques les interfaces homme-machine nécessaires pour visualiser, explorer, analyser et interpréter leurs données. Cette plateforme web permettra de visualiser dans le temps et l'espace les données d'abondance des espèces à partir des données génomiques associées aux paramètres environnementaux, notamment celles mesurées sur plusieurs sites du service national SOMLIT (Service d'Observation en Milieu LITtoral, réseau national de 12 stations marines, labellisé par l'INSU (CNRS) depuis 1996) et celles mesurées dans les projets PHYTOBS , MOOSE et ROME. En particulier, des représentations graphiques dynamiques et interactives des estimateurs de biodiversité seront mises en place. Ces résultats seront intégrés aux données contextuelles/environnementales associées par le biais de différentes visualisations, afin de faciliter l'interprétation graphique des données. L'interopérabilité avec les bases de données internationales existantes sur la biodiversité et la génomique sera également proposée. Rattaché à la plateforme ABiMS de la station marine de Roscoff, l'ingénieur sera supervisé par les membres de la plateforme bioinformatique ABIMS (Erwan Corre & Mark Hoebeke) en étroite collaboration avec les équipes locales et les équipes de Sebimer_IFREMER et UBO (Brest), LS2N (Nantes), MIO (Marseille) et Genoscope (Evry).

Contraintes et risques

pas de contraintes ou risques identifiés

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