Description du sujet de thèse

Analyse du signal contenu dans les structures 3D des protéines par persistance topologique.
Cette thèse se situe à l'interface de la biologie évolutive et de la topologie algorithmique. Elle vise à optimiser et approfondir des méthodes d'analyse topologique des données, telle que l'homologie persistante, pour étudier l'information contenue dans les structures 3D des protéines. Cette thèse abordera le problème de la construction du complexe simplicial d'une structure 3D de protéine avec des filtrations topologiques prenant en compte les propriétés physicochimiques des acides aminés et les structures secondaires. Il s'agira également d'appliquer à ce contexte les techniques d'homologie persistante multivariée et pondérée et d'affiner le calcul de la distance de Wasserstein avec des mesures de probabilités sur les codesbarres des structures 3D prenant en compte les mécanismes de substitution au sein des séquences et les modèle d'évolution des séquences protéiques.

Contexte de travail

Le doctorant ou la doctorantes retenu(e) travaillera au sein de l'Institut Camille Jordan (UMR5208), laboratoire de mathématiques dirigé par Mme Véronique MAUME-DESCHAMPS (270 pers.) et du laboratoire LBBE (UMR5558) spécialisé en biométrie et biologie évolutive, dirigé par M. Fabrice VAVRE (216 pers.). Les 2 laboratoires sont situés à Villeurbanne sur le campus de la Doua de l'Université Claude Bernard Lyon 1. Cette thèse s'inscrit dans le cadre du projet ANR THERMADAPT et sera supervisée par Philippe MALBOS, responsable scientifique du projet et Céline Brochier-Armanet du LBBE.

Contraintes et risques

Pas de risques identifiés.