Missions

La mission s'inscrit dans le programme du Projet de Recherche Collaboratif de l'ANR 'Simulation and Imaging of the Mitral Regurgitation' (SIMR) piloté par l'équipe INRIA COMMEDIA qui intègre 6 partenaires et a débuté en Février 2020 pour une durée de 4 ans. La régurgitation de la valve mitrale (ou insuffisance mitrale) est une des pathologies les plus fréquentes de la valve mitrale. La valve malade peut être soit remplacée ou réparée chirurgicalement. Le projet SIMR a deux objectifs 1) évaluer la qualité de la réparation de la valve mitrale à partir d'outils innovants en imagerie et modélisation (15 patients prévus), 2) développer des outils de simulation numérique de l'hémodynamique, de l'interaction fluide-structure et de la biomécanique cardiaque.
Dans ce contexte, le chercheur (H/F) recruté prendra en charge l'analyse des données issues de l'imagerie et l'évaluation de la fonction cardiaque à partir de la combinaison des données de l'imagerie et de la modélisation. Plus précisément, il/elle aura en charge l'analyse de données issues de l'imagerie par résonance magnétique (IRM) cardiaque, et de la tomodensitométrie (MDCT) pour i) évaluer l'évolution de la fonction cardiaque avant et après réparation, ii) construire un modèle géométrique et paramétrique du ventricule gauche et de la valve qui seront utilisés dans des simulations numérique fluide-structure développées par les partenaires. Ces simulations doivent permettre d'éclaircir les mécanismes déterminant les conditions de fonctionnement de la valve mitrale.
Ces travaux s'appuieront sur le protocole d'imagerie et la base de données commune mis en place dans le cadre du projet et supervisés par les laboratoires TIMC-Grenoble et CREATIS-Lyon (WP2 du programme SIMR).

Activités

Le projet SIMR a débuté par le recueil des données d'imagerie des patients avant et après réparation de la valve mitrale disponible sur une plate-forme commune sécurisée. Le chercheur (H/F) recruté élaborera la chaine de traitement des données pour :
- Construire des modèles individualisés aux patients, géométriques, paramétrés et intégrant les informations produites par i) la tomodensitométrie (modèle anatomique cœur-valve hautement résolu) pour les développements en simulation numérique (WP3 du programme SIMR), ii) l'IRM : anatomie (ventricule gauche), propriétés tissulaires, mouvement/déformation (suivi de primitives en Cine-IRM (Feature Tracking), DENSE), afin de mettre en évidence les évolutions suite à la réparation de la valve,
- Développer une méthode multiparamétrique de partitionnement multi-échelle du cœur, notamment en termes de cinématique et de constituants, identifiant les régions évoluant de manière différente entre les deux temps d'observation. Cette décomposition a un double objectif : i) mettre en évidence l'impact de la réparation, ii) constituer une initialisation d'une approche de biomécanique inverse pour la caractérisation mécanique du cœur par des paramètres de contractilité et d'élasticité locales,
- Intégrer l'information de flux 4D mesurée en IRM en vue de la comparer aux simulations numériques (WP3).

Compétences

Nous recherchons un docteur ou ingénieur en analyse de données médicales et/ou (bio)mécanique avec si possible les compétences suivantes :
Scientifiques : Expérience en imagerie médicale cardio-vasculaire, et en analyse de données multiparamétrique de type image,
Informatiques : programmation MATLAB et/ou Python et/ou C,C++, logiciels/librairies d'imagerie et traitement d'images et éventuellement logiciels de simulation numérique (type COMSOL, Abaqus, Ansys).

Contexte de travail

Le travail de partenariat TIMC/CREATIS sera principalement réalisé au Laboratoire CREATIS (http://www.creatis.insa-lyon.fr/) sur le site Campus LyonTech-La Doua à Lyon. Des déplacements sur le site du CHU de Saint Etienne (centre de référence pour l'IRM cardiaque) seront nécessaires pour l'analyse des données patients sous la supervision du radiologue en charge des acquisitions sur les patients recrutés pour l'étude. Le· chercheur (H/F) recruté travaillera avec les permanents de l'équipe impliqués dans SIMR et les doctorants/post-doctorants de l'équipe travaillant sur des sujets connexes.

Contraintes et risques

Aucun.

Informations complémentaires

Un contrat de 5 mois supplémentaire est envisagé.