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Portail > Offres > Offre UAR3601-JACVAN-004 - Développeur•euse web/bases de données pour la surveillance génomique COVID-19 H/F

Développeur•euse web/bases de données pour la surveillance génomique COVID-19 H/F


Date Limite Candidature : mardi 28 juin 2022

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Informations générales

Référence : UAR3601-JACVAN-004
Lieu de travail : EVRY COURCOURONNES
Date de publication : mardi 17 mai 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 10 juin 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2498€ et 2989€, à adapter selon expérience professionnelle
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La personne recrutée contribuera au développement de la base de données EMERGEN-DB (emergen-db.france-bioinformatique.fr), qui vise à collecter, gérer, analyser et diffuser les données du consortium national de surveillance génomique COVID-19. Elle généralisera cet outil pour couvrir d'autres maladies infectieuses émergentes en France et à l'international.

Attention, pour des raisons administratives le poste est affiché sur Evry, mais la personne recrutée sera accueillie sur la plateforme IFB-core, localisée à Paris intra-muros.

Activités

- Concevoir et développer la base de donnée EMERGEN-DB
- Concevoir et développer des interfaces utilisateurs (GUI) et d'interfaces programmatiques (API)
- Participer à des réunions avec les partenaires du consortium EMERGEN pour assurer l'adéquation de la base de données avec les besoins des usagers
- Rédiger, en français et en anglais, la documentation pour les usagers, les administrateurs et les développeurs
- Assurer une veille technologique
- Participer à l'assistance et au support utilisateur

Compétences

- Maîtrise du framework de développement Django
- Bonne Connaissance de Javascript et des technologies web
- Bonne connaissance des librairies graphiques, par exemple: echart, plotly, chartJS, …
- Bonne connaissance du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns)
- Bonne connaissance des outils de test (unitaire) et des bonnes pratiques en qualité logicielle
- Bonne connaissance de l'outil de versionning Git et des outils associés: Github, Gitlab Bonne connaissance de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure (django/python)
- Bonne connaissance conception et requêtage de bases de données SQL
- Connaissance de solutions de virtualisation (docker, singularity)

Compétences additionnelles appréciées

- Bonne connaissance des cycles de développement en intégration continue
- Connaissance des méthodes d'authentification et des annuaires (openLDAP, OpenID connect, Keycloak)
- Connaissance des outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.).
- Connaissance d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt, ...).
- Connaissance des environnements Linux
- Culture du Logiciel Libre et Open Data

Langues
- Bonne connaissance du français oral et écrit.
- Compréhension de l'anglais oral et écrit.

Savoir-être
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe ;
- Esprit d'équipe et sens de la collaboration ;
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur ;
- Gérer les situations d'urgence et hiérarchiser les priorités ;
- Capacité d'écoute et sens du contact ;
- Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). Il a pour missions de déployer une infrastructure numérique, des environnements logiciels, des services, des formations pour l'ensemble des communautés des sciences du vivant. L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

Dans le cadre du projet national de surveillance génomique COVID-19 (projet EMERGEN), l'IFB déploie une plateforme numérique pour la surveillance génomique et la recherche. Le projet initial est consacré au traitement des données COVID-19, mais couvrira à plus long terme l'ensemble des maladies infectieuses émergentes. Le développement de cette plateforme numérique est assuré par une équipe incluant des compétences en administration système, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

Attention, pour des raisons administratives le poste est affiché sur Evry, mais la personne recrutée sera accueillie sur la plateforme IFB-core, localisée à Paris intra-muros. Elle La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Il nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des événements scientifiques.

Contraintes et risques

Pas de contraintes ou risques particuliers

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