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Portail > Offres > Offre UMR2594-FABROU-008 - Ingénieur de Recherche / Ingénieure de Recherche en expérimentation végétale (H/F)

Ingénieur de Recherche / Ingénieure de Recherche en expérimentation végétale (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : mercredi 31 juillet 2024 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur de Recherche / Ingénieure de Recherche en expérimentation végétale (H/F)
Référence : UMR2594-FABROU-008
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : AUZEVILLE TOLOSANE
Date de publication : mercredi 10 juillet 2024
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 15 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 3115 et 3617 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Niveau 7 - (Bac+5 et plus)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingénieur-e de recherche en expérimentation et production végétales

Missions

Les maladies infectieuses sont souvent le principal agent sélectif dans la nature, et nous ne pouvons pas comprendre comment les populations naturelles évoluent sans comprendre leurs agents pathogènes. Au-delà de l'immunité de l'hôte et des conditions abiotiques, un facteur important déterminant la capacité des agents pathogènes à envahir et à proliférer chez un hôte est le microbiote résident. Cependant, nous commençons seulement à en entrevoir ses multiples impacts. Nous en savons encore moins sur les interactions entre les agents pathogènes eux-mêmes. Tout effort pour expliquer comment les communautés d’agents pathogènes, ou pathobiote, se développent au sein d'un hôte nécessite de comprendre comme les agents pathogènes interagissent entre eux et comment ces interactions pathogène-pathogène sont modulées par le microbiote de l’hôte, la génétique de l’hôte et l’environnement abiotique. Dans le projet PATHOCOM (https://figshare.com/articles/preprint/PATHOCOM_proposal/13174337), nous visons à mettre en place un programme qui intègre des observations de terrain à large échelle du microbiote/pathobiote chez la plante Arabidopsis thaliana, avec des tests expérimentaux à ultra haut débit d’interactions dépendantes de l'hôte entre les agents pathogènes, permettant par la suite de prédire des communautés persistantes d’agents pathogènes par modélisation. Dans ce contexte, le poste d’ingénieur/ingénieure de recherche s’inscrit dans la troisième étape du projet PATHOCOM, qui vise entre autres à tester (i) l’effet de la génétique d’A. thaliana (GWAS) sur les interactions entre 6 souches bactériennes pathogènes (3 de l’espèce pathogène Pseudomonas syringae et 3 de l’espèce Xanthomonas campestris), et (ii) l’effet de facteurs abiotiques sur les interactions entre 18 souches bactériennes pathogènes (9 souches de P. syringae et 9 souches de X. campestris). Pour atteindre ces objectifs, la personne recrutée bénéficiera d’outils permettant d’effectuer du phénotypage haut-débit (robots pipeteurs, souches bactériennes et lignées végétales barcodées, imagerie haut-débit de la croissance végétative…). Ce poste d’ingénieur/ingénieure de recherche de 15 mois est financé par l'ERC (European Research Council) et sera réalisé dans le cadre d'un projet interdisciplinaire et collaboratif avec les groupes de recherche de Detlef Weigel (Max Planck Institute, Tübingen, Allemagne) et Joy Bergelson (Université de New-York, États-Unis).

Activités

L’ingénieur/ingénieure de recherche sera en charge de mettre en place des expériences de GWA mapping afin de tester l’effet de 200 accessions naturelles d’A. thaliana sur 6 paires de souches pathogènes en conditions in vitro (et potentiellement en conditions de champ). L’ingénieur/ingénieure de recherche aura aussi la charge de tester l’effet de 4 facteurs abiotiques (climat, propriétés physico-chimiques du sol) sur 153 paires de souches bactériennes pathogènes en conditions in vitro (et potentiellement en conditions de champ). Pour mener à bien ses missions, l’ingénieur/ingénieure de recherche pourra s’appuyer sur un collectif d’ITA (une ingénieure d’études, une assistante ingénieure et une technicienne) travaillant sur des missions proches de celle demandées pour ce profil. L’ingénieur/ingénieure de recherche devra assurer une veille technologique pour identifier les dernières méthodologies qui permettront d’accélérer les différentes étapes des expériences (semis, inoculation de solutions bactériennes, phénotypage haut-débit…).

Compétences

Les candidats/candidates doivent avoir de très fortes compétences en (i) microbiologie, (ii) génétique quantitative, (iii) design de plans expérimentaux pour des expériences de phénotypage avec plusieurs milliers de plantes, (iv) cultures in vitro, (v) manipulation de robots pipeteurs, et (vii) manipulation de gros jeux de données. Des compétences en programmation (langages python et R) et phénotypage haut-début seraient un rèel plus. Un très bon niveau en anglais est requis.

Contexte de travail

Le LIPME offre un excellent environnement scientifique d'équipes travaillant sur les interactions plante-microbe ou plante-plante (https://en.lipme.fr/). En tant que membre du LabEx (Laboratoire d'Excellence) TULIP (https://www.labex-tulip.fr/labex-tulip_eng/) et de la Fédération de Recherche AgroBiosciences, Interactions et Biodiversité (http://www.fraib.fr/), le LIPME bénéficie également d’un cadre d’interaction avec d’autres laboratoires spécialisés dans le domaine végétale et l'écologie, et comprend localement des services et plateformes (y compris en imagerie et phénotypage haut-débit).
Pour plus d'informations dur l’équipe d’accueil ECOGEN:
https://en.lipme.fr/ecogen-1

Contraintes et risques

L’ingénieur/ingénieure de recherche sera localisé(e) au LIPME, mais sera peut-être amené(e) à réaliser un séjour de 4 semaines dans le laboratoire de Joy Bergelson pour la mise en place d’expériences en conditions de champ. Le laboratoire est régi par un règlement intérieur.