Missions

Assurer le recueil, le traitement et l"analyse des données de séquençage sur les projets associant la plateforme bioinformatique du CBI. L'agent sera en contact direct avec les biologistes porteurs de projet et sera chargé des données de séquençage. Il/Elle travaillera sur plusieurs projets simultanément dans des domaines variés tels que : transcriptomique, épigénomique, assemblage De Novo …

Activités

• Assurer le recueil, le contrôle des données et organiser leur stockage
• Réaliser le traitement des données brutes en utilisant ou développant des chaînes de traitement des données, de la collecte à l’analyse statistique
• Choisir et appliquer les méthodes statistiques existantes les plus pertinentes sur les données et déterminer les logiciels les mieux adaptés et les plus performants pour le projet
• Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques, Participer à la rédaction des synthèses de présentation des résultats des analyses statistiques
• Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
• Conseiller et former aux outils utilisés et effectuer des présentations pour assurer un transfert de compétences
• Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activité
• Assurer un contrôle qualité sur les résultats produits

Compétences

Savoirs / connaissances :
• Techniques informatiques de recueil, analyse et traitement des données
• Expérience ou théorie sur l'assemblage de génomes, la transcriptomique et l'épigénomique 
• Langages de programmation (R, Python, bash)
• Biologie (connaissance générale) avec une expérience en données omiques
• Langue anglaise : écrit et oral    

Savoir-faire :
• Traiter des données transcriptomique ou épigénomique
• Assembler un génome de novo 
• Programmer dans différents environnements informatiques
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats, Rédiger la documentation pour les utilisateurs et Réaliser des synthèses    

Savoirs-être :
• Transmettre des connaissances et utiliser les techniques de présentation
• Assurer une veille
• Travailler en équipe

Contexte de travail

Les équipes du Centre de Biologie Integrative (CBI) de Toulouse développent des approches multidisciplinaires, multi-échelles des molécules isolées aux organismes entiers et aux sociétés animales dans le but de comprendre le fonctionnement des organismes vivants. L’utilisation de technologies de séquençage est nécessaire à la poursuite de nombreux projets. La plateforme bioinformatique du CBI est dédiée à l’analyse de ces données permet à tous d’utiliser ces approches devenues incontournables dans de nombreux champs d’investigation de l’ensemble des équipes du CBI.

Contraintes et risques

• Travail sur écran
• Interaction avec différentes équipes, différents services, différents public (biologistes, informaticiens)