Missions

L'équipe Nanobio développe de nouveaux concepts permettant de repousser les limites de l'imagerie de fluorescence super-résolue, et ce projet s'adresse en particulier à un candidat souhaitant intégrer un projet interdisciplinaire qui nécessite la convergence de différentes expertises à haut niveau. Dans le cadre de ce poste, il s'agira de développer les approches de traitement de signal associées au nouveau concept de localisation de molécules uniques récemment breveté et validé expérimentalement. Nous avons mis en place une nouvelle modalité d'illumination structurée qui permet d'encoder la position des molécules fluorescentes avec une fréquence d'illumination unique, ce qui permet donc d'observer un champ large sur un monodétecteur (seul ou en matrice éventuellement en association avec des FPGA). Dans le cadre du projet, il s'agira de développer des outils d'analyse/traitement du signal issus de ces détecteurs et permettre d'augmenter le nombre de molécules et donc de fréquences pouvant être détectées de façon simultanée, et également de pouvoir, grâce à ces analyses, contribuer à l'optimisation des paramètres expérimentaux. Idéalement, des outils permettant de tendre vers une analyse temps réel seront développés. Ces outils d'analyse pourront mobiliser des approches de deep learning. Après une phase de tests sur des échantillons de calibration, ces outils seront appliqués à l'observation d'échantillons biologiques en collaboration avec différents membres de l’équipe. Ces nouveaux développements seront mis en place dans le cadre de l'ERC TimeNanoLive.

Activités

La personne contribuera à différents aspects :
- mise en place des nouveaux outils d'analyse
- programmation pilotage/simulation
- tests et validation sur différents sets de datas de calibration
- caractérisation sur différents échantillons
- rédaction d'articles
- participation à des conférences

Compétences

- traitement du signal
- connaissances en optique/microscopie
- savoir travailler en équipe
- curiosité pour le travail interdisciplinaire

Contexte de travail

Ce travail se fera dans le cadre d'un projet européen ERC TimeNanoLive au sein de l'ISMO (Unité Mixte CNRS / Université Paris-Saclay) localisé sur la campus d'Orsay de l'Université Paris-Saclay. Le laboratoire dispose d'une salle de culture sur site et de différents microscopes pour la localisation de molécule unique.
L’ISMO a l’ambition de constituer un pôle d’excellence dans ses trois grands domaines scientifiques : la physique moléculaire et ses applications, les nanosciences, la physique pour la biologie. L’ISMO regroupe 175 personnes (permanents et non-permanents) : 81 chercheurs et enseignants-chercheurs permanents, 47 doctorants et 8 post-doctorants, répartis en 6 équipes scientifiques. Ils bénéficient de l’expertise de 39 IT et BIATSS (y compris 4 CDD et 2 apprentis) organisés en 6 services communs.
Ce poste se déroulera sous la responsabilité d'une directrice de recherche au CNRS au sein de l'équipe Nanobio, et sera mené au sein d'un groupe de 2 permanents, 4 doctorants, 1 ingénieur de recherche et 2 post-doctorants.

Contraintes et risques

- faisceau laser
- culture cellulaire

Informations complémentaires

ERC TimeNanoLive