Missions

Nous recherchons une personne qualifiée et très motivée pour un poste de post-doctorant, afin d'étudier la fonction des longs ARN non codants (lncRNAs) dans les organismes marins eucaryotes, à l'Institut de Biologie de l'Ecole normale supérieure (IBENS). Les questions que le groupe dirigé par M.H. Cruz de Carvalho dans l'équipe de C. Bowler vise à aborder sont les suivantes : Dans quelle mesure le génome non codant est-il omniprésent chez les organismes marins eucaryotes ? Quelles sont les fonctions des transcrits non codants dans l'environnement marin ? Existe-t-il une conservation des fonctions dans la lignée des Stramenopile ? Les missions de ce projet visent à répondre à deux objectifs principaux : 1) identifier les lncRNAs régulateurs dans la réponse aux fluctuations des nutriments, notamment en cas d'appauvrissement en phosphate (Pi) chez une diatomée marine modèle par le phénotypage complet de mutants CRISPR-Cas9 bi-allélique knock-out P. tricornutum ciblant les lncRNAs régulés par les nutriments ; 2) disséquer les voies mécanistiques des lncRNAs régulateurs en identifiant leurs partenaires protéiniques et les réseaux moléculaires sous-jacents.

Activités

Le groupe utilise des techniques de pointe dans des systèmes modèles de diatomées pour étudier la fonction des lncRNA, y compris des technologies de perte et de gain de fonction (CRISPR/Cas9, OEX) et de génomique et de transcriptomique globales (RT-qPCR, RNA-seq, ChIP-seq). L'hypothèse centrale de ce projet est que les lncRNAs jouent un rôle important dans la régulation des réponses au stress nutritif dans l'environnement marin. Le/la candidate retenue travaillera sous la direction de Helena Cruz de Carvalho et ses activités seront dédiées au phénotypage des mutants lncRNA KO, par comparaison avec la lignée sauvage, sous fluctuations en phosphate, à travers l'étude de divers paramètres physiologiques et moléculaires (i.e., courbes de croissance, efficacité photosynthétique, absorption de phosphate, activité des phosphatases alcalines, niveaux d'expression des gènes de réponse au stress nutritif). Une fois qu'un phénotype anormal est identifié, le candidat procédera à l'investigation de la fonction mécanistique du (des) lncRNA(s) ciblé(s) en entreprenant, sur les lignées mutantes sélectionnées, des études transcriptomiques approfondies par RNA-Seq (Illumina et Nanopore) et des études épigénétiques par ChIP-Seq.

Compétences

Le/la candidat.e doit : - avoir un solide savoir-faire en physiologie, génomique et biologie moléculaire - avoir une expérience sur l'étude les microalgues et en particulier les diatomées est très souhaitable - être rigoureux.se et organisé.e afin de mener plusieurs activités en parallèle - être capable de travailler collégialement et faire preuve de souplesse et de bienveillance pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l'équipe - Maitrise de l'anglais (oral et écrit).

Contexte de travail

L'Institut de biologie de l'École normale supérieure (IBENS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé dans le quartier latin au centre de Paris, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). Cette unité mixte CNRS/Inserm/ENS comprend environ 320 agents, répartis en 29 équipes de recherche et soutient l'emploi des minorités.

Contraintes et risques

Les risques habituels contrôlés dans un laboratoire de biologie expérimentale.