Missions

La mission principale sera le développement et la maintenance d'une base de données (ainsi que des métadonnées afférentes) de séquences nucléotidiques et protéiques massives provenant des génomes et métagénomes séquencés par l’équipe ainsi que des génomes de référence qui devront être mis à jour régulièrement. Une fois la base de donnée implémentée, la mission sera d’effectuer des tâches de data mining, d’aide à l’annotation et à l’analyse (méta)génomique en appui à la recherche en collaboration avec les chercheurs de l’équipe.

Activités

- Adapter et/ou développer une base de données relationnelle de type SQL (mySQL, postgreSQL, MariaDB, autre) avec interfaçage multiple vers des outils de type CLI et un client WEB.

- Incorporer à la base de données les séquences nucléotidiques et protéiques massives provenant des génomes et métagénomes séquencés par l’équipe à partir d’une collection d’échantillons d’écosystèmes divers et les mettre en relation avec les métadonnées de ces échantillons.

- Incorporer et actualiser régulièrement des génomes de référence provenant de la Genome Taxonomy Database (GTDB) et des génomes eucaryotes de référence choisis.

- Maintenir la base de données et les outils associés en accord avec les chercheurs de l’équipe.

- Aider à l’annotation et à l’analyse (méta)génomique et/ou phylogénomique comparative en appui à la recherche.

- Effectuer des tâches de data mining en appui à la recherche.

- Rédiger une documentation des codes sources et de la base de données, ainsi qu'un manuel à l'attention des utilisateurs

- Echanger et collaborer avec une équipe internationale de chercheurs, doctorants et postdoctorants.

Compétences

- Maîtrise de l'environnement Linux, du shell et de l’administration web coté serveur (service http, certification, etc).

- Maîtrise des moteurs, structures et langage SQL, pour la gestion/administration de la base de données proprement dite.

- Maîtrise d’un langage de programmation propre au développement d’une interface applicative coté serveur (Python, JavaScript (nodejs), Php) et d’outils d’administration en ligne de commande.

- Maîtrise des langages et outils de développement web coté client (HTML, css, javascript) pour le développement de l’interface graphique d’exploration des données.

- Connaissances des gestionnaires de version (type git).

- Connaissances générales sur la diversité microbienne et la (méta)génomique de microorganismes. Des connaissances en phylogénomique seront appréciés.

- Connaissances en biostatistiques et apprentissage statistique

- Maîtrise de la langue anglaise et française pour interagir avec une équipe internationale (niveau B1-B2)

- Un minimum de 2-4 ans d’expérience est souhaité (ou un master).

Contexte de travail

Cette offre est financée dans le cadre du projet ERC AdG SYMBEK (2024-2029). Il s’agit d’un CDD d’ingénieur d’étude d’un an rémunéré en fonction du niveau d’expérience. La prolongation du contrat en CDD pourra être envisagée dans le contexte de ce projet ERC. En fonction de l’intérêt de la personne recrutée, un travail de recherche conduisant à l’obtention d’un doctorat pourrait également être envisagé à la suite de cette période. La personne recrutée intègrera l’équipe DEEM – Diversité Ecologie et Evolution Microbiennes (http://www.deemteam.fr). Notre laboratoire est situé dans le nouveau campus de l’Université Paris-Saclay, environ 30 km au sud de Paris. Un train de banlieue connecte avec Paris.

Contraintes et risques

Le travail n’implique pas de risque majeur, puisqu’il comporte essentiellement des analyses computationnelles. Le travail sera réalisé sous les règles de sécurité normative.