Missions

Le CDD ingénieur d’étude sera associé à un projet qui vise à étudier, en interaction étroite avec des équipes de biologie expérimentale, les rôles et l’entrecroisement des systèmes de défense basés sur l’ANR dans les interactions entre la bactérie pathogène Clostridioides difficile et les phages.
L’agent aura pour première mission de réaliser la modélisation des interactions protéine-ARN (et protéine-protéine) pertinentes dans le cadre de ce projet. Cette mission impliquera en particulier l’analyse des outils de prédiction disponibles par une veille technologique et bibliographique, et la cartographie des données génomiques et leur croisement afin d’enrichir l’information évolutive utilisée par ces outils. L’agent évaluera les méthodes disponibles sur des cas tests afin de définir les protocoles de modélisation les mieux adaptés au projet. Les méthodes identifiées seront utilisées pour générer et analyser des modèles structuraux, à partir desquels des propositions d’expériences seront faites aux partenaires du projet. Les approches à utiliser ainsi que le plan d’étude et la structure des bases de données attendues seront définis à l’avance au sein de l’équipe.
L’agent aura également pour mission d’assister l’équipe pour la mise en forme et le stockage de ces données de modélisation, la maintenance des bases de données associées, l’adaptation des programmes informatiques nécessaires au déroulement du projet, et la diffusion et la valorisation des résultats obtenus sous la forme de code partagé, de bases de données ouvertes et de ressources (de type serveur web) disponibles sur internet pour la communauté. Les modèles mathématiques, les programmes informatiques à utiliser et la structure des outils seront définis à l’avance au sein de l’équipe.

Activities

- Mettre en place et optimiser les procédures de recueil des données
- Réaliser le traitement des données
- Organiser la mise en forme, le stockage des données
- Assurer la maintenance des bases de données créées
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques
- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet
- Gérer et maintenir des outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l'éthique, les bonnes pratiques de programmation et de gestion des données
- Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Skills

Connaissances
- Protocoles de modélisation et d’analyse structurale (connaissance approfondie)
- Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)
- Biologie (connaissance générale)
- Cadre légal et déontologique
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Compétences opérationnelles
- Traiter des données, en particulier par le développement de scripts permettant de mettre en œuvre une succession d’opérations de traitement
- Maîtrise approfondie de Python et de bash ; maîtrise des techniques de mise en œuvre de calculs dans un environnement de calcul partagé (cluster de calcul), des outils de gestion de bases de données (de type SQL) et d’outils de développement web (de type JavaScript, PHP)
- Interagir avec des biologistes et des informaticiens
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Transmettre des connaissances
- Utiliser les techniques de présentation

Work Context

L'ingénieur d'étude sera affecté dans l'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UMR 9198 I2BC, CNRS/CEA/Université Paris-Saclay).
L'I2BC est un institut de recherche de l'Université Paris-Saclay, constitué de 59 équipes. La recherche à l'I2BC couvre une variété de thématiques de biologie intégrative (biophysique, biochimie, biologie structurale, biologie des génomes, biologie cellulaire, microbiologie, virologie, bio-informatique).
L'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome », rattachée au département de Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale, s'appuie sur un couplage fort entre approches bio-informatiques et expérimentales pour caractériser, prédire et inhiber les assemblages macromoléculaires. L'équipe est localisée sur le campus de Gif-sur-Yvette (à moins d'une heure du centre de Paris).
L'équipe a développé ces dernières années des approches originales pour la prédiction structurale des interactions entre protéines en utilisant l'information issue de l'évolution (Andreani et al. Bioinformatics 2013 ; Yu et al. Nucleic Acids Res 2016, Proteins 2017 ; Quignot et al. Nucleic Acids Res 2018, 2021 et Bioinformatics 2021) et possède donc une expertise dans le domaine de la bio-informatique structurale, de la prédiction d'interactions macromoléculaires et de l'intégration de données hétérogènes. Par ailleurs, l'équipe a récemment publié plusieurs études utilisant des techniques basées sur l’intelligence artificielle, notamment AlphaFold, pour modéliser des interactions protéine-protéine (Bret et al, Nat Comm 2024) et protéine-ADN (Dalia et al, PNAS 2025 ; Dewailly, Fauconnet et al, bioRxiv 2025). Une étude récente a aussi été publiée par l’équipe sur les interactions protéine-ARN (Mahmoudi et al, PLOS Comp Biol 2024).
L'IE travaillera directement avec une chercheuse de l'équipe. L'IE bénéficiera d'un environnement scientifique interdisciplinaire stimulant, de l'expertise de l'équipe et d'un accès aux moyens de calcul nécessaires pour mener à bien le projet.