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Ingénieur d'étude biologie moléculaire (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR7365-ISABEH-001
Lieu de travail : VANDOEUVRE LES NANCY
Date de publication : vendredi 3 août 2018
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2 097 et 2206 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+3
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Mettre en œuvre les techniques d'analyse du transcriptome codant et non codant par emploi de micropuces Affymetrix dans le cadre du projet RHU FIGHT-HF

Activités

- Gérer la station Affymetrix et le robot d'extraction des ARN (Qiacube) et en assurer le fonctionnement (liaison avec le SAV, gestion de la maintenance..)
- Préparer les échantillons ARN, analyser leur qualité, les marquer et les hybrider sur micropuces Affymetrix
- Produire les données des micropuces (avec contrôle qualité), participer à l'analyse statistique et au traitement informatique de ces données et présenter les résultats, en garantissant le suivi et la qualité
- Rédiger des rapports clairs et précis sur les expériences et études réalisées, produire des notes techniques
- Gérer et organiser des moyens techniques dans le cadre du projet d'analyse du transcriptome des individus de la cohorte Stanislas par emploi de microarrays
- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité
- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activité
- Participer à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications

Compétences

Connaissances
- Technologie puces Affymetrix (connaissances approfondies)
- Biologie Moléculaire (connaissances approfondies)
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues) serait un plus

Compétences opérationnelles
- Maitrise technologie puces Affymetrix : utilisation station fluidique, scanner, four à hybridation..
- Préparation et manipulation des ARN
- Contrôle qualité, marquage des ARN et hybridation sur micropuces Affymetrix
- Utilisation de la console TAC d'Affymetrix pour le contrôle qualité des hybridations
- Capacité d'organisation pour assurer la gestion et le stockage d'un très grand nombre (>1500) d'échantillons ARN
- Gestion et stockage des réactifs dédiés aux instruments
- Rédaction des rapports d'analyses
- Gestion des relations avec les interlocuteurs impliqués dans le projet
- Capacité à travailler en équipe

Contexte de travail

Ce contrat d'ingénieur d'étude de 24 mois s'inscrit dans le programme de recherche sur l'insuffisance cardiaque FIGHT-HF. FIGHT-HF est l'un des premiers lauréats nationaux de l'appel à projets « Recherche Hospitalo-Universitaire en santé » (RHU). Coordonné par le Pr P. Rossignol, du Centre d'Investigation Clinique du CHRU de Nancy, FIGHT-HF est un consortium multidisciplinaire (18 partenaires) associant des médecins enseignants-chercheurs, des biologistes moléculaires, des informaticiens, des statisticiens, des mathématiciens, des ingénieurs et des sociologues. L'objectif de FIGHT-HF est de permettre une médecine personnalisée par l'utilisation de biomarqueurs (issus d'analyses sanguines ou urinaires et d'imagerie fonctionnelle) qui décrivent le profil de chaque malade et permettent de déterminer les traitements les plus efficaces avec le moins d'effets indésirables possibles.
Au sein de ce consortium, l'équipe « ARN, RNP : structure, fonction, maturation » des Dr Christiane Branlant et Isabelle Behm-Ansmant (Laboratoire IMoPA, UMR7365 CNRS-UL) est en charge des recherches concernant les biomarqueurs sanguins ARN. Cette équipe, spécialiste internationalement reconnue des ARN et de leur biogenèse, a en effet la charge d'analyser le transcriptome sanguin des 1700 individus de la cohorte Stanislas (essai clinique NCT01391442) afin de mettre en évidence l'expression et/ou l'épissage différentiels d'ARN codants (ARN messagers) ou non codants (longs ARN non codants, ARN antisens, petits ARN nucléaires ou nucléolaires…) dans des groupes d'individus présentant ou non des pathologies cardiaques. Des premières analyses par séquençage à haut débit (NGS) sont en cours de réalisation pour un panel restreint d'individus. Cependant pour l'étude exhaustive des 1700 individus de la cohorte nous avons fait le choix de favoriser une approche micropuces. Les micropuces Clariom D (Affymetrix) qui seront utilisées présentent en effet l'avantage d'être très informatives (expression/épissage des ARN codants et non codants), moins coûteuses, de nécessiter moins de matériel de départ (10 ng d'ARN totaux suffisent) et de réduire le temps des analyses. Cette technologie n'étant pas encore implantée au sein du laboratoire (ni à Nancy, d'ailleurs), la personne recrutée aura pour mission de participer à la mise en place de la plateforme Affymetrix, de gérer cette nouvelle plateforme et de mettre en œuvre l'analyse du transcriptome sanguin des 1700 individus de la cohorte Stanislas. Cette personne devra pour cela interagir à la fois avec le personnel du laboratoire IMoPA, avec les ingénieurs Affymetrix (avec lesquels elle suivra une formation initiale de 5 jours), mais également avec les équipes de cliniciens associées au projet et avec le Centre de Ressources Biologiques (CRB) du CHRU de Nancy où sont actuellement stockés les prélèvements sanguins.

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