Missions

Le travail proposé s'inscrit dans le projet PNREST Anses "AntibioInv" dont le but est de comprendre l’invasion de communautés microbiennes naturelles de rivière par l’antibiorésistance, en relation avec des activités et pratiques humaines locales. Le travail attendu couvrira principalement des études de biodiversité microbienne et de quantification de l'antibiorésistance dans des biofilms microbiens collectés dans de petites rivières des Vosges. Les missions confiées au lauréat porteront essentiellement sur de la biologie moléculaire (extraction d'ADN, PCR quantitative), du travail de terrain (prélèvements et caractérisation d'échantillons), de la microbiologie classique (culture bactérienne, recherche de bactéries résistantes) mais aussi de la cytométrie en flux et du travail en réacteur (suivi de microcosmes). Le but de ce travail sera d'identifier et comprendre les paramètres environnementaux permettant d’expliquer la propagation de l’antibiorésistance vers des communautés naturelles de rivières.

Activités

- Collecte sur le terrain et traitement d’échantillon environnementaux (eau, biofilms aquatiques).
- Conduire un ensemble d'essais utilisant différentes techniques en adaptant les conditions expérimentales : Cytométrie ; Analyse de la biodiversité de communautés (metabarcoding) ; Analyse quantitative de l'imprégnation par l'antibiorésistance (ex. qPCR)
- Maintien de communautés collectées en microcosmes contrôlés
- Traiter, interpréter et mettre en forme les résultats, en garantir la qualité.
- Exploiter et présenter les résultats sous forme de synthèse.
- Rédiger les rapports d'avancement du projet.

Compétences

Microbiologiste de formation, le (la) candidat(e) devra présenter des compétences de base en biologie moléculaire (extraction d'ADN, PCR, ...). S’agissant d'un sujet centré sur la dissémination de l'antibiorésistance, il est attendu que la personne recrutée ait des connaissances sur les mécanismes de transfert de gènes horizontaux entre bactéries (conjugaison, transduction, transformation). En outre, cette personne devra pouvoir rendre compte des avancées de son travail à l’oral (présentation power point au consortium et devant l’équipe d’accueil) et par écrit (rapports de synthèse réguliers au consortium)

Contexte de travail

Le (la) lauréat(e) sera affecté(e) au LCPME (UMR 7564 UL-CNRS) qui regroupe 80 personnes distribuées dans trois équipes. La personne recrutée intègrera l'équipe Microbiologie Environnementale sur sa thématique "dissémination de l'antibiorésistance dans l'environnement" sous la direction de Christophe Merlin. Le projet auquel la personne recrutée sera affectée se déroulera dans le contexte d'une collaboration avec l'unité COLiPATH de l'Anses. De ce fait, de fortes interactions au sein du LCPME mais aussi entre partenaires seront attendues pour une progression harmonieuse du projet entre les membres du consortium.

Contraintes et risques

Flexibilité éventuelle des horaires de travail (sorties terrain)
Posséder le permis B sera apprécié