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Ingénieure biologiste en traitement de données/Ingénieur biologiste en traitement de données H/F


Date Limite Candidature : lundi 13 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR7288-CHRESS-061
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : lundi 23 janvier 2023
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2280 € à 2897 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

L'ingénieure/l'ingénieur en bioinformatique étudiera au sein de l'équipe “Plasticité des cellules souches neurales” (IBDM) les différentes données transcriptomiques sur cellules uniques ou coupes de tissus (transcriptomiques spatiales). L'ingénieur-e travaillera sur des données issues de différents cancers pédiatriques (rhabdomyosarcomes, medulloblastomes) humains, ou provenant de modèles animaux.
L'ingénieure/l'ingénieur travaillera en collaboration avec des chercheurs biologistes. Il / elle devra prendre en main certains pipelines déjà conçus, les adapter aux évolutions à venir et produire des rapports de résultats en tenant compte des demandes des porteurs de projets. Il/elle devra être à même d'améliorer les pipelines existants pour y introduire de nouvelles méthodes issues de la littérature. Il/elle bénéficiera de la présence de bioinformaticiens experts en analyse transcriptomiques (single cell / spatial) sur le campus de Luminy.

Activités

L'ingénieure/l'ingénieur d'études recruté(e) (2 ans) développera les pipelines d'analyse et d'intégration de données en étroite collaboration avec les chercheurs biologistes. Il / elle devra :
- Conduire les projets d'analyses de données et de développement de pipelines bio-informatiques
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique en ce qui concerne l'analyse de données single cell
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales

Compétences

Nous recherchons une personne très motivée, passionnée par le développement de la science par la technologie, prête à s'immerger avec une équipe de chercheurs biologistes sur des projets visant à déchiffrer les principes d'initiation et de propagation des cancers pédiatriques. Il/elle devra posséder un goût prononcé pour le travail en équipe et d'excellentes aptitudes à la communication. Le candidat retenu devra posséder les compétences ou l'expérience suivantes.

Compétences requises :
- Maîtrise de la programmation en R et/ou Python.
- Maîtrise de logiciels requis pour l'analyse de données génomiques et transcriptomiques (STAR, DeSeq2, CellRanger).
- Maîtrise de l'anglais scientifique écrit et oral: niveau C2 du cadre européen de référence pour les langues (CECRL)
- Compréhension pratique des méthodes d'analyse de données multidimensionnelles (ACP, t-SNE, UMAP, apprentissage statistique, etc.).
- Expérience des données « single-cell » souhaitée mais pas obligatoire (Seurat ou Scanpy) ainsi que des données spatiales (Seurat, SPATA ou SquidPy).
- Connaissance pratique des outils de conteneurisation (Docker, Singularity),
gestionnaires de version (Git) et gestionnaires de workflow (Snakemake) souhaitée.
- Bases solides en biologie ; connaissances en biologie cellulaire et moléculaire.
- Master ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistiques ou biologie.
- Expérience en bioinformatique appliquée aux données génomiques ou transcriptomiques, idéalement à l'échelle single-cell.
- Compréhension des principales analyses de données de séquençage en cellule unique.
- Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
- Bonne capacité de communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.
- Capacité à travailler en équipe, capacités d'écoute et de proposition.
- Autonomie.
- Intérêt pour les aspects méthodologiques de l'analyse de données.

Contexte de travail

L'IBDM situé sur le Campus de Luminy, comprend environ 240 personnes titulaires Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Ingénieurs et Techniciens et non permanents CDD, Post doc, Doctorants, stagiaires répartis sur 21 équipes de recherches et 11 plateaux techniques et services.
L'IBDM est une unité mixte de recherche sous une tutelle du CNRS et de l'AMU, qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées.
L'activité s'exercera au sein de l'équipe équipe « Plasticité des cellules souches neurales» dirigée par Cédric Maurange.
L'équipe étant composée de plusieurs nationalités, la pratique de la langue anglaise est indispensable.

Contraintes et risques

NEANT

Informations complémentaires

Merci d'envoyer un CV, une lettre de motivation et idéalement une lettre de recommandation
Toute candidature avec un niveau d'études supérieur ne pourra être acceptée.

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