Missions

L’interaction complexe entre les plantes et les agents pathogènes entraîne des modifications profondes des états moléculaires et physiologiques des deux organismes. De plus en plus de travaux mettent en évidence le rôle crucial de la régulation épigénétique dans l’orchestration des mécanismes de défense des plantes. Nos recherches récentes ont montré que certains facteurs de virulence bactériens peuvent induire des changements importants de la méthylation de l’ADN, similaires à ceux observés dans le méthylome végétal lors de l’infection. Cependant, l’importance fonctionnelle et la dynamique temporelle précise de ces modifications de la chromatine restent mal comprises. Par ailleurs, les effets de l’infection bactérienne sur le déplacement des petits ARN et sur le methylome de la génération suivante méritent d’être explorés plus en détail.
Dans le cadre du projet EPIPAT, financé par une bourse ERC, nous recherchons un(e) scientifique créatif(ve), rigoureux(se) et curieux(se), désireux(se) d’étudier la dynamique de l’épigénome végétal lors d’une infection bactérienne, en générant et en analysant des jeux de données de génomique fonctionnelle de pointe.

Activités

Le(la) candidat(e) retenu(e) étudiera les changements epigenetic durant les infections bactériennes et les processus reproductifs chez Arabidopsis thaliana. Cette recherche impliquera la préparation de bibliothèques à haut débit et l’analyse approfondie des données afin de caractériser le paysage de la chromatine et de travailler sur les principaux acteurs moléculaires impliqués dans les réponses de défense des plantes, ainsi que leur rôle au cours de la reproduction.
La caractérisation fonctionnelle reposera sur un ensemble de techniques moléculaires et génétiques classiques, telles que la PCR, la qPCR, les croisements génétiques et l’analyse phénotypique détaillée. Le(la) candidat(e) sera chargé(e) d’intégrer des jeux de données multi-niveaux afin de développer une compréhension globale de la régulation épigénomique dans l’immunité des plantes. Il ou elle devra interpréter de manière critique les résultats expérimentaux et communiquer efficacement ses conclusions sous forme de rapports écrits, de publications scientifiques et de présentations orales en anglais. Le poste pourra également offrir des opportunités de formation, d’encadrement et de mentorat d’étudiants, ainsi que de collaboration avec d’autres membres de l’équipe de recherche et des partenaires extérieurs.

Compétences

Nous recherchons une personne fortement motivée, curieuse et dotée d’un excellent esprit de collaboration, possédant une solide expérience en génomique fonctionnelle. Le(la) candidat(e) idéal(e) devra être titulaire d’un doctorat (ou équivalent) en biologie moléculaire, génétique, bio-informatique ou dans un domaine connexe, et justifier d’une expérience approfondie dans la génération de bibliothèques épigénomiques et transcriptomiques à haut débit. Une solide expertise dans l’analyse de grands jeux de données génomiques est indispensable. La maîtrise des techniques de biologie moléculaire courantes, ainsi qu’une expérience de la culture et de la génétique d’Arabidopsis, sont également requises.
Une expertise dans les approches CRISPR multiplexées constituera un atout. Une expérience préalable en épigénétique végétale, en petits ARN ou en biologie de la reproduction des plantes sera appréciée mais n’est pas obligatoire. D’excellentes compétences en communication et en rédaction scientifique en anglais sont essentielles pour ce poste (niveau B2 minimum selon cadre européen commun de référence pour les langues).

Contexte de travail

La recherche sera menée dans un environnement scientifique dynamique et collaboratif au sein de l'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP) à Strasbourg, qui dispose d'infrastructures de pointe pour l'imagerie, la génomique et la biologie moléculaire végétale. Ce poste, financé par une bourse du Conseil Européen de la Recherche (ERC), offre une occasion unique d'aborder des questions fondamentales à l'interface entre épigénétique, la reproduction sexuee et interactions plante–pathogène.
Le(la) candidat(e) rejoindra l'équipe “Régulation épigénétique et reproduction sexuée des plantes” (www.jullienlab.com), un groupe international et bienveillant, attaché à l'excellence scientifique et au développement professionnel de ses membres. Le poste comprend un accompagnement personnalisé, des opportunités d'acquisition de nouvelles compétences techniques et analytiques, ainsi qu'un soutien pour élargir le réseau scientifique et le portefeuille de publications du·(de la) candidat(e).

Contraintes et risques

Le poste peut impliquer des déplacements occasionnels pour des conférences scientifiques ou des collaborations. Les risques standards liés au travail en laboratoire sont présents, notamment la manipulation de produits chimiques et d’agents biologiques, le travail dans des environnements à température contrôlée, ainsi que des périodes prolongées de travail sur ordinateur.