Ingénieur d'études en techniques biologique (H/F)

Job Description

Missions

La personne recrutée contribuera à deux projets de recherche financés par des contrats ANR.
Le premier projet, déjà en cours, vise à caractériser le rôle de quelques protéines NAPs (Nucleoid Associated Proteins) dans l’organisation et la dynamique du nucléoïde chez la bactérie Deinococcus radiodurans, aussi bien en conditions normales de croissance qu’après exposition des cellules à différents stress.
Pour atteindre cet objectif, plusieurs approches complémentaires seront mises en œuvre : 1) Établir des cartes Hi-C chez des souches mutantes affectées pour chacune d’une de ces protéines afin d’analyser leur impact sur l’architecture chromosomique. 2) Coupler ces analyses à des expériences de RNA-seq afin de déterminer les conséquences des modifications de structure du nucléoïde sur l’expression génique. 3) Marquer spécifiquement les origines de réplication et/ou les régions terminales des deux chromosomes de D. radiodurans à l’aide de systèmes hétérologues ParB/parS, afin de suivre par microscopie à fluorescence la dynamique et le positionnement de ces chromosomes au sein de la cellule.

Plusieurs de ces approches seront réalisées en collaboration avec les partenaires du projet ANR, situés à l’Institut Pasteur et l’IBS de Grenoble. L’ensemble des expériences sera conduit après exposition des cellules à des irradiations UV, les analyses en conditions normales de croissance ayant, pour la plupart, déjà été réalisées.

Le second projet, financé par un autre contrat ANR récemment obtenu, a pour objectif de caractériser le rôle de différentes protéines impliquées dans la réparation des dommages à l’ADN induits par divers stress, notamment les irradiations UV et le stress oxydant. Pour cela, plusieurs approches complémentaires seront développées :1) Construire des banques CPD-seq et 8-oxoG-seq permettant de cartographier avec précision la localisation des dommages à l’ADN à l’échelle du génome. 2) Identifier, par des expériences de ChIP-seq, les sites de liaison génomiques de différentes protéines de réparation afin de déterminer celles impliquées dans la prise en charge de lésions de nature distincte. 3) Réaliser ces analyses au cours de cinétiques de réparation de l’ADN, dans une souche sauvage ainsi que dans différents mutants affectés dans les voies de réparation.

Dans le cadre de ces deux projets, et en fonction des résultats obtenus, la construction de mutants ciblant des gènes d’intérêt pourra être nécessaire. L’ensemble des techniques requises pour la réalisation de ces travaux est maîtrisé au sein du laboratoire.

Activity

L'ingénieur sera encadré par un Professeur responsable de l'équipe. Ses activités seront, par rapport au projet scientifique, décrites dans les missions suivantes :
- Définir un ensemble cohérent de techniques de la biologie nécessaires à la réalisation expérimentale d'un projet
- Concevoir le développement et conduire la réalisation du projet dans un domaine de la biologie
- Traiter les données (analyser, interpréter et valider les résultats)
- Appliquer et faire appliquer les règles d'hygiène et de sécurité du domaine dans le laboratoire.

Your Profil

Skills

Savoir-faire :
- Maîtriser les différentes techniques de biologie moléculaire
- Connaissances importantes en Microbiologie
- Un savoir-faire en techniques omics (RNA-seq, ChIP-seq ou HiC) serait apprécié. A défaut une formation peut être réalisée par le professeur de l’équipe.
- Connaissances en microcopie à fluorescence
- Capacité à interpréter et à présenter clairement les résultats
- Excellente communication verbale et écrite
- Rigueur et organisation afin de mener plusieurs activités en parallèle
- Capacité à travailler en étroite collaboration avec les différents collaborateurs du projet.

Savoir-être :
Travail en équipe, sens de la communication, esprit d'initiative, autonomie, sens de l'organisation.

Your Work Environment

La bactérie Deinococcus radiodurans est reconnue comme l'un des organismes les plus radiorésistants connus. Elle possède la capacité exceptionnelle de reconstruire, en quelques heures seulement, un génome fonctionnel à partir de plusieurs centaines de fragments générés par une exposition à des radiations ionisantes. Son génome, d'environ 3,2 Mb, est constitué de deux chromosomes, d'un mégaplasmide et d'un plasmide, chacun présent à raison de 4 à 8 copies par cellule. Cette bactérie se caractérise également par la présence d'un nucléoïde particulièrement compact, tout en demeurant remarquablement dynamique au cours du cycle cellulaire. Fait surprenant, D. radiodurans ne code qu'un nombre limité de protéines connues pour participer à l'organisation du nucléoïde (NAPs), certaines n'étant exprimées qu'en réponse à une irradiation. Notre premier projet vise à déterminer le rôle de ces protéines dans l'organisation structurale et la dynamique des différents réplicons, aussi bien en conditions normales de croissance qu'après exposition à un stress génotoxique.

Les nombreuses études consacrées à D. radiodurans au cours des dernières décennies se sont principalement attachées à comprendre les mécanismes responsables de son exceptionnelle capacité de réparation des dommages subis ainsi que l'organisation des réponses cellulaires déclenchées par les dommages génotoxiques. Dans le cadre d'un précédent projet ANR, nous avons récemment établi, grâce à une combinaison d'approches omiques et d'analyses ciblées, la liste des gènes appartenant au régulon DdrO/IrrE. Ces deux protéines constituent le principal système de régulation contrôlant l'expression des gènes impliqués dans la réparation de l'ADN et le maintien de l'intégrité du génome en réponse aux dommages.

Lors d'une irradiation, de nombreux types de lésions sont générés dans l'ADN. Comme les autres bactéries, D. radiodurans dispose de plusieurs systèmes de réparation spécialisés. Toutefois, des résultats récents suggèrent que ces différentes voies pourraient être fortement interconnectées, voire organisées au sein d'un complexe fonctionnel intégré, parfois désigné sous le terme de « réparosome ». Le second projet a pour objectif d'identifier les mécanismes moléculaires mobilisés en réponse à différentes catégories de dommages et de déterminer quelles protéines interviennent spécifiquement dans leur reconnaissance et leur réparation.

L'Institut de biologie intégrative de la cellule (I2BC), situé sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, est une importante unité mixte de recherche associant le CNRS, le CEA et l'Université Paris-Saclay. L'institut regroupe près de 650 personnes réparties au sein de cinq départements scientifiques et s'appuie sur 17 plateformes technologiques de haut niveau. La personne recrutée intégrera l'équipe « Radiorésistance des bactéries et des archées », rattachée à la direction de l'Institut.
Références :
1-Passot, F.M.; Nguyen, H.H.; Dard-Dascot, C.; Thermes, C.; Servant, P.; Espeli, O.; Sommer, S. Nucleoid Organization in the Radioresistant Bacterium Deinococcus Radiodurans. Mol Microbiol 2015, 97, 759–774, doi:10.1111/mmi.13064.
2- Eugénie, N.; Zivanovic, Y.; Lelandais, G.; Coste, G.; Bouthier de la Tour, C.; Bentchikou, E.; Servant, P.; Confalonieri, F. Characterization of the Radiation Desiccation Response Regulon of the Radioresistant Bacterium Deinococcus Radiodurans by Integrative Genomic Analyses. Cells 2021, 10, doi:10.3390/cells10102536.
3- Vauclare, P.; Wulffelé, J., Lacroix, F. ; Servant, P. ; Confalonieri, F.; Kleman, J-F.; Bourgeois,D.; Timmins, J. Stress-induced nucleoid remodeling in Deinococcus radiodurans is associated with major changes in Heat Unstable (HU) protein dynamics, Nucleic Acids Research, 2024, 52, 6406–6423, doi.org/10.1093/nar/gkae379
4- Mao, P., Smerdon, M.J. ; Roberts, S.A.; Wyrick, J.J. Chromosomal landscape of UV damage formation and repair at single-nucleotide resolution, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 113 (32) 9057-9062, doi.org/10.1073/pnas.1606667113 (2016).

Compensation and benefits

Compensation

Salaire brut mensuel entre 2571€ et 2965€ selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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