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Post-doctorat en bio-informatique (H/F) : prédiction des interactions protéine-ARN

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR9198-JESAND-001
Lieu de travail : SACLAY
Date de publication : jeudi 19 septembre 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2700 à 3800 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Les interactions protéine-ARN sont cruciales pour de nombreuses fonctions cellulaires et impliquées dans diverses pathologies. L'objectif général du projet est de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à la base de ces interactions. De récents progrès dans les expériences à haut débit ont produit des quantités énormes de données et ont largement étendu le répertoire des interactions protéine-ARN. Cependant, un grand décalage subsiste entre ce déluge d'information à grande échelle et la rareté des données biophysiques et structurales à plus haute résolution.

Le projet vise à développer une approche bio-informatique intégrative pour coupler les données massives issues des récentes expériences « omiques » à haut débit (génomique, interactions) aux données détaillées de structure, de biophysique et de biochimie. Le recueil et l'analyse détaillée des données disponibles fournira les clés nécessaires pour le développement de méthodes de prédiction reposant sur des approches statistiques et d'apprentissage automatique. Les modèles obtenus seront intégrés à l'échelle des réseaux d'interactions macromoléculaires. Les résultats du projet seront mis à disposition de la communauté scientifique sous forme de logiciels, bases de données et/ou serveurs.

Le post-doctorat se déroulera au sein de l'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome » de l'UMR 9198 Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC).

Activités

En fonction du profil, des centres d'intérêt et de l'expérience de la personne recrutée, les activités suivantes (nécessaires aux différentes phases du projet) pourront être réalisées :
- Recueil de données et construction de bases intégrant des données hétérogènes
- Analyse de données de structures 3D, de génomique, d'interactomique
- Modélisation statistique et apprentissage automatique pour extraire des caractéristiques ou des règles décrivant les interactions protéine-ARN
- Modélisation structurale multi-échelle
- Analyse de réseaux d'interactions
- Développement de méthodes, de logiciels, de bases de données et serveurs

Par ailleurs, la personne recrutée participera à la vie du projet et de l'équipe, et sera donc amenée à contribuer à la conception de stratégies de recherche, au maintien de connaissances à jour sur les thématiques du projet, à la rédaction d'articles et à la communication des résultats du projet (y compris dans le cadre d'éventuels congrès), et le cas échéant à l'encadrement de stagiaires et de doctorant(e)s.

Compétences

Le profil recherché est avant tout celui d'un(e) chercheur(se) fortement motivé(e) par les aspects interdisciplinaires et l'utilisation de techniques informatiques et mathématiques pour répondre à des questions d'intérêt biologique. Le(la) post-doctorant(e) devra être titulaire d'un doctorat en bio-informatique, statistiques, ou tout autre domaine qui lui aurait permis d'acquérir des compétences pertinentes pour le projet. Une expérience préalable d'analyse de données et de développement méthodologique est nécessaire, de même que la connaissance de langages de programmation adaptés (idéalement Python, C ou C++, R ou un autre langage d'analyse statistique). Une expérience de modélisation statistique, d'analyse et/ou de visualisation de réseaux biologiques serait souhaitable. La personne recrutée devra par ailleurs être autonome, à l'aise pour le travail collaboratif et maîtriser l'anglais scientifique oral et écrit (la maîtrise du français n'est pas nécessaire pour le projet).

Contexte de travail

Le post-doctorat se déroulera dans l'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome » de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (UMR 9198 I2BC, CNRS/CEA/Université Paris-Sud).

L'I2BC est un institut de recherche récemment créé de l'Université Paris-Saclay, constitué de 70 équipes. La recherche à l'I2BC couvre une variété de thématiques de biologie intégrative (biophysique, biochimie, biologie structurale, biologie des génomes, biologie cellulaire, microbiologie, virologie, bio-informatique). L'équipe « Assemblage moléculaire et intégrité du génome », rattachée au département de Biochimie, Biophysique et Biologie Structurale, s'appuie sur un couplage fort entre approches bio-informatiques et expérimentales pour caractériser, prédire et inhiber les assemblages macromoléculaires. L'équipe est localisée au sud de Paris ; elle se trouve pour l'instant sur le centre CEA de Saclay et doit rejoindre bientôt le campus de Gif-sur-Yvette (à moins d'une heure du centre de Paris).

L'équipe a développé ces dernières années des approches originales pour la prédiction structurale des interactions entre protéines en utilisant l'information issue de l'évolution (Andreani et al. Bioinformatics 2013 ; Yu et al. Nucleic Acids Res 2016, Proteins 2017 ; Quignot, Rey et al. Nucleic Acids Res 2018) et possède donc une expertise dans le domaine de la bio-informatique structurale, de la prédiction d'interactions macromoléculaires et de l'intégration de données hétérogènes. Par ailleurs, l'équipe a récemment publié une étude des mécanismes de terminaison de la transcription par l'analyse de données de génomique fonctionnelle et de transcriptomique (Baejen, Andreani et al. Mol Cell 2017).

Le CDD chercheur sera financé dans le cadre d'un projet sélectionné par l'ANR qui vise à analyser et prédire les réseaux d'interactions protéine-ARN en couplant des informations structurales, évolutives et « omiques ». Le/la post-doctorant(e) bénéficiera d'un environnement scientifique interdisciplinaire stimulant, de l'expertise de l'équipe et d'un accès aux moyens de calcul nécessaires pour mener à bien le projet.

Le poste sera financé pour 12 mois (renouvelable jusqu'à 24 mois au total) et devra commencer début 2020 (avec une certaine souplesse sur la date exacte).

Informations complémentaires

Les candidatures sont à déposer sur le Portail Emploi CNRS.

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