Missions

L’ingénieur(e) de recherche exercera son activité à l’IBENS, au sein de l’équipe « Expression des ARNm eucaryotes » dirigée par Hervé Le Hir, dans le contexte du projet ARNold, et sera supervisé par Gwenael Badis-Breard. Ce projet consiste à étudier le rôle « du Nonsense Mediated mRNA decay » (NMD) dans la dégradation d’ARN oligoadenylés récemment caractérisés chez la levure, et nécessite de développer des outils bio-informatique pour comprendre cette nouvelle fonctionnalité du NMD.
Il/elle aura pour mission d’assister des membres du laboratoire dans leurs projets de recherche pour la partie bio-informatique de l’étude de données transcriptomiques générées par l’équipe ou issues des publications relatives à ce projet. Sa mission consistera à assurer les analyses bio-informatiques des données brutes au traitement des résultats, et à organiser la gestion de ces données à grande échelle (organisation sur le serveur de l’ENS et dépôt sur les bases de données publiques). L’ingénieur devra aussi créer des scripts (en R ou en ligne de commande Unix) pour développer les outils informatiques spécifiques à ce projet.

Activités

L’ingénieur(e) devra acquérir la maitrise des pipelines d’analyses existants (en ligne de commande localement et sur le serveur de calcul de l’ENS), et les optimiser afin de réaliser le traitement des données de séquençage. Il/elle assurera une veille technologique afin d’améliorer les différents outils d’analyse. Il/elle aura aussi en charge une partie des analyses avec le développement de scripts en R ou en Python, en étroite collaboration avec l’équipe.
L’ingénieur(e) devra implémenter des approches existantes à un modèle humain, et pour cela devra développer les outils d’analyse adaptés.
De plus, il/elle participera aux réunions de laboratoire hebdomadaires (en anglais) et y présentera ses résultats régulièrement. Enfin, il/elle gèrera l’organisation des données à grande échelle sur le serveur de l’Institut et prendra en charge leur dépôt sur les bases de données publiques.

Compétences

Un diplôme de niveau Bac +5 minimum en bio-informatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe est requis. Nous recherchons une personne motivée, organisée et rigoureuse et capable de travailler en équipe, avec de solides compétences en programmation (R , Python, …) et en analyses statistiques.
Une expérience dans l’analyse de données transcriptomiques (RNAseq) est un atout mais n’est pas indispensable si le/la candidat(e) possède des compétences en analyse de données génomiques (DNAseq).
Un niveau correct en anglais et de bonnes aptitudes pour communiquer sont nécessaires.

Contexte de travail

L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.
Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.
L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Génomique fonctionnelle, Biologie du développement, Neurosciences, Écologie et biologie de l’évolution.
Plusieurs plateformes technologiques, notamment en imagerie, génomique, protéomique et bio-informatique sont à la disposition des chercheurs. Les recherches menées à l’IBENS bénéficient des interactions avec d’autres disciplines présentes à l’ENS (physique, chimie, sciences cognitives, mathématiques). L’IBENS est activement impliqué dans la formation des étudiants et jeunes chercheurs à tous les niveaux.
L’équipe d’accueil, dirigée par Hervé Le Hir comprend 10 membres et est membre de la section « génomique Fonctionnelle » de l’IBENS composée de 8 équipes.

Contraintes et risques

Travail sur ordinateur