Missions

Les analyses en spectrométrie de masse des protéines issues représentent le plus souvent l’analyse ultime des différents axes de l’équipe. L’assistant ingénieur sera en charge de ces analyses qu’il réalisera en utilisant des approches et protocoles déjà établie dans le groupe.
L’assistant ingénieur travaillera en autonomie sur les instruments disponibles au sein de la plateforme de spectrométrie de masse de l’institut (SiCAPS).
Il entretiendra de facto une interaction privilégiée avec les personnels de la plateforme.

Activités

- Prendre en charge les enchainements méthodologiques propres à l’équipe d’analyse (HPLC/spectrométrie de masse/bioinformatique) et approches permettant la caractérisation et la quantification protéomique N-terminales des protéines dans des extraits complexes.
- réaliser les expériences de routine et analyser les données qui en seront issues.
- Former et encadrer en interne les étudiants (doctorant, étudiants en M2, M1, L3) et en externe (encadrement de collaborateurs ou d'utilisateurs) dans le cadre des différents projets, aux principes et à la mise en œuvre des techniques de l'expérimentation en biologie.
- Encadrer les utilisateurs ou collaborateurs dans le cadre des différents projets et activités de recherche.
- Gérer les stocks chimiques et consommables, de la demande de devis, des commandes.
- Assurer la maintenance d’équipements de biochimie du laboratoire ou de la plateforme.

Compétences

- Biologie (connaissance générale)
- expertise en biochimie des protéines (fractionnement par chromatographie à haute ou moyenne pression), dans les techniques ciblées par spectrométrie de masse de type electrospray, et l’analyse quantitative par approche protéomique (SILAC, label-free).
- expérience préalable dans l’enrichissement de modification des protéines souhaitable.
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Langue anglaise : B1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Utiliser des matériels d'analyse et d'expérimentation en biologie
- Utiliser les logiciels spécifiques à l'activité
- Rédiger des procédures techniques
- Transmettre des connaissances

Contexte de travail

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. Localisée sur les sites de Gif, d'Orsay et de Saclay, l'unité a un effectif moyen d’environ 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherches, 17 plateformes technologiques de haut niveau.
L’équipe « Maturation des protéines, destinée cellulaire et thérapeutique » (Promti) – Département de biologie des Génomes - s’intéresse à un ensemble de modifications affectant les protéines. Ces modifications ont en commun d’affecter les extrémités amines réactives qui sont positionnées soit au N-terminus soit sur les chaines latérales des lysines. Ces modifications sont catalysées par des familles distinctes de protéines permettant des modifications différentes, mais il s’avère de plus en plus clair que certaines enzymes peuvent agir sur plusieurs types de cibles protéiques ou catalyser des modifications différentes. Les modifications peuvent affecter seulement une partie des extrémités et ces altérations peuvent varier au cours de la vie cellulaire.
L’équipe cherche à comprendre la nature et l’effet biologique de ces modifications, en particulier au niveau de la partition cellulaire dans des sous-compartiments définis ou non par des membranes. Les aspects concernant également l’impact de ces modifications sur la maintenance d’un protéome fonctionnel sont pris en considération. Les populations de protéines concernées, les compétitions entre différentes modifications sur le même groupement chimique et l’ajustement physiologique de leur stœchiométrie sont au cœur du domaine relevant de la protéostasie.
L’analyse des protéines et de ses modifications s’effectue par spectrométrie de masse sur des instruments gérés par la plateforme attenante à la localisation de l’équipe. Les propriétés des catalyseurs permettant les modifications sont également caractérisées in vitro par des approches biochimiques et in vivo par des approches génétique (effets de la perte de fonction). La nature des modifications peut aussi être analysée dans des extraits cellulaires issus de différentes espèces par des approches centrées sur les groupes amines concernés ou par des approches plus globales. Dans tous les cas les aspects quantitatifs sont recherchés et analysés. Des outils informatiques d’analyse et des bases de données sont produites. Des analyses biophysiques in vitro ou de biologie cellulaire in cellulo peuvent servir à compléter la meilleure compréhension des distributions des protéines modifiées entre différents compartiments.
L’ingénieur sera sous la responsabilité hiérarchique de la responsable de l’équipe