Missions

Des avancées récentes en microbiologie environnementale, métagénomique et phylogénomique suggèrent fortement que la cellule eucaryote a évolué à partir des consortia symbiotiques entre une archée de type Asgard et, au minimum, l’ancêtre de la mitochondrie, phylogénétiquement proche des Alphaproteobacteria. Toutefois, une proportion considérable de gènes d’origine procaryote inférés être présents dans le dernier ancêtre commun des eucaryotes (LECA, Last Eukaryotic Common Ancestor) semble ne pas avoir d’affinité phylogénétique avec les archées ou avec les Alphaproteobacteria, ce qui suggère que d’autres lignées bactériennes ont pu contribuer à l’eucaryogénèse comme symbionts additionnels ou autres donneurs de gènes. Ce projet postdoctoral vise à raffiner le complément, la distribution et l’origine évolutive spécifique des gènes/protéines et/ou d’autres signatures de séquence de type procaryote chez LECA à travers des approches bioinformatiques, de génomique comparative et de phylogénie moléculaire. On utilisera divers génomes de référence disponibles dans les bases de données publiques ainsi que des génomes assemblés à partir de métagénomes disponibles dans l’équipe. La personne recrutée sera impliquée dans leur analyse en utilisant et/ou en adaptant des outils bioinformatiques divers.

Activités

- Data mining dans des bases de données génomiques
- Analyse bioinformatique du la distribution et l’origine évolutive spécifique des gènes/protéines et/ou d’autres signatures de séquence de type procaryote dans l'ancêtre des eucaryotes
- Génomique comparative
- Phylogénie moléculaire

Compétences

- Expérience en bio-informatique, en particulier en génomique comparative et phylogénie moléculaire
- Bonnes connaissances sur la diversité microbienne et l’arbre phylogénétique du vivant
- Capacité à coder (p.ex. Python, Perl, R...)
- Biostatistique
- La personne recrutée devra être fluide en langue anglaise (écrite, parlée)
- Bonnes capacités de présentation et communication, autonomie, organisation et esprit critique

Contexte de travail

Cette offre est financée par le projet ERC AdG SYMBEK. La personne recrutée intègrera l’équipe DEEM –Diversité Ecologie et Evolution Microbiennes (http://www.deemteam.fr/en/). Notre laboratoire est situé dans le nouveau campus de l’Université Paris-Saclay, environ 30 km au sud de Paris. Un train de banlieue connecte avec Paris.

Contraintes et risques

Le travail de postdoc ne comporte pas de risque majeur, puisqu’il comporte essentiellement des analyses computationnelles. Le travail sera réalisé sous les règles de sécurité normative.