Missions

Le groupe « Microscopies avancées et physiologie des tissus » du Laboratoire d'Optique et de Biosciences (LOB), École Polytechnique, Palaiseau, France, cherche un ou une chercheur post-doctorant en analyse de grandes images biologiques. Il/elle aura pour mission de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies d’analyse automatisée d’images 3D multicanaux/multicolores de cerveaux de souris de tailles supérieure au téraoctet. À partir d'un premier pipeline déjà opérationnel, il s'agira d'extraire plus d'informations, plus rapidement et à partir de données plus diverses, dans le but de répondre à des questions sur le développement du tissu cérébral.

Activités

Le ou la candidat(e) travaillera à partir des données expérimentales obtenues depuis deux ans au LOB, en lien étroit avec les problématiques biologiques qui ont motivé la production de ces données. Deux sujets complémentaires sont initialement envisagés : (i) l'apprentissage auto-supervisé polyvalent pour la détection, la segmentation, le traçage et la classification conjoints des cellules dans des images de grand volume, et (ii) le recalage multi-échelles entre images enregistrées avec différentes modalités de contraste. Des solutions partielles ont été implémentées ou décrites dans la littérature, en particulier via des méthodes d’apprentissage statistique, qui devront être testées et adaptées aux données multicolores. Selon la/le candidat(e), le projet pourra prendre une orientation plus méthodologique ou plus biologique.

Compétences

Une thèse en vision par ordinateur, analyse d'images biomédicales ou biologie computationnelle avec une forte composante imagerie est demandée. Des compétences avancées en programmation en Python, apprentissage statistique/IA et analyse d'image sont requises. Un intérêt marqué et/ou des connaissances en microscopie et neuroscience seraient un atout. Le souhait de travailler au sein d’une équipe interdisciplinaire est bien sûr nécessaire.

Contexte de travail

Dans le cadre d’une collaboration de longue date entre le groupe de microscopies avancées du LOB à l'École Polytechnique et le groupe de neurogenèse et développement de circuits de l'Institut de la Vision, nous avons développé une technologie d'imagerie permettant de cartographier avec une résolution subcellulaire 3D un cerveau de souris entier marqué par une approche Brainbow multicolore renseignant sur les lignages cellulaires. Nous générons actuellement des jeux de données multicanaux comportant des centaines de milliards de voxels, et des efforts considérables sont actuellement en cours pour traiter, analyser et comprendre ces données, en particulier en collaboration avec le département d’informatique et IA de l’Université du Pays Basque.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

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