Missions

Contexte

Les écosystèmes forestiers d'Europe occidentale sont touchés de plein fouet par les dérèglements climatiques. Le régime des pluies et des températures, moteur majeur de la dynamique des forêts, influence les fructifications, la croissance, le vieillissement et le dépérissement des arbres, et en conséquence le rythme d’exploitation forestière. Des modèles mécanistiques prédisent des changements importants et rapides de l’évolution des peuplements forestiers, des réseaux trophiques et des interactions écologiques entre les communautés animales et végétales, entrainant de fortes répercussions sur la dynamique forestière.
Dans ce contexte, comprendre et prédire les effets à long terme de ces changements sur le fonctionnement des communautés animales et forestières est un enjeu majeur. Pour y répondre, un Contrat de coopération (Convention OFB.22.1183) a été initié en décembre 2022 entre l’OFB, 2 Unités Mixtes de Recherche du CNRS (UMR 7372, 5558) et l’Office National des Forêts. Ce projet intitulé « Interactions trophiques et dynamiques des communautés animales et végétales en forêt : une approche intégrative de l’écosystème forestier », se décline selon 5 axes de recherche :
- Axe 1 : Caractériser l’environnement forestier à différentes échelles spatiales.
- Axe 2 : Evaluer l’impact du changement climatique sur la phénologie des organismes vertébrés et la performance de leurs populations.
- Axe 3 : Evaluer l’influence des niveaux de production des fruits forestiers (ressources pulsées) sur le fonctionnement des populations de vertébrés.
- Axe 4 : Etudier les interactions écologiques au sein des communautés animales et végétales, et leurs effets cascades sur la biodiversité forestière (y compris en termes de régénération forestière).
- Axe 5 : Evaluer les effets des activités humaines sur la biodiversité le long d’un gradient d’intensité et de types d’activités (sylvicoles et cynégétiques, etc…) au sein d’une mosaïque paysagère.
MISSIONS
Le travail du post-doctorat se concentrera sur les axes de recherche 2 et 3 du projet collaboratif, ses objectifs seront :
1) A partir des jeux de données brutes/originales, d’estimer/ré-estimer des variables biologiques qui permettent de décrire les traits d’histoire de vie des différentes espèces de vertébrés étudiées (mammifères, oiseaux, reptiles), ainsi que leur variation au cours du temps. Ces variables concernent en particulier celles décrivant les calendriers de reproduction, les performances des individus (e.g., fécondité, succès reproducteur) ainsi que le fonctionnement démographique des populations (abondance/effectifs, taux de survie, recrutement, taux d’accroissement…).
2) De construire un modèle intégré permettant d’évaluer l’intensité des liens qui existent entre a) les variables biologiques précédemment citées et les variations de conditions environnementales (e.g., conditions météorologiques, niveaux des fructifications forestières), b) entre les variables biologiques (ou environnementales) elles-mêmes, et c) entre les variables biologiques des différentes espèces/communautés étudiées.

La personne recrutée travaillera en priorité sur l’identification et la mesure de l’amplitude de l’impact du changement climatique sur la communauté de vertébrés (ongulés sauvages, serpents, oiseaux forestiers) hébergée dans l’écosystème forestier (e.g., phénologie de reproduction, qualité phénotypique, performance, statut sanitaire). Selon l’état d’avancement, une seconde partie du travail pourrait chercher à comprendre et documenter les effets des ressources pulsées sur les dynamiques de populations, les performances et qualités phénotypiques des individus, et sur les interactions entre ces éléments. Ce travail devra être valorisé sous forme de publications scientifiques dans des revues internationales, et restitué auprès des partenaires et acteurs locaux (gestionnaires, scientifiques et administrations).

Activités

Le ou la candidate sera moteur dans l’élaboration des questions scientifiques pertinentes pour les gestionnaires de la faune sauvage et du milieu forestier. Les interactions avec les personnes impliquées dans le projet, responsables de différents programmes de recherche et appartenant à différents organismes (OFB, ONF, CNRS), seront donc très importantes.

Pour la 1ère partie (prioritaire), il est attendu, dans un premier temps, de caractériser le changement climatique à partir des données météorologiques (températures et précipitations), en distinguant le changement directionnel (e.g. augmentation de température ou diminution des précipitations) de l’augmentation de la fréquence des évènements extrêmes (e.g. sécheresse), pouvant affecter de manière différente l’histoire de vie des vertébrés (rapport GIEC 2023). L’objectif suivant de ce post-doctorat sera d’étudier les réponses démographiques des espèces suivies en deux étapes : une description des réponses au changement climatique (“pattern-based approach”) puis une recherche des mécanismes mis en jeu (“process-based approach”). Pour l’approche descriptive de la réponse démographique des vertébrés à ces changements, quatre variables décrivant le cycle biologique des espèces concernées seront à analyser : (a) la phénologie de la reproduction ; (b) la qualité phénotypique mesurée par la taille, la masse ou la condition corporelle ; (c) la performance mesurée par la fécondité ou le succès reproducteur ; (d) le statut sanitaire mesuré par l’intensité du parasitisme externe des individus. Pour l’approche mécaniste, il faudra essayer de différencier les réponses micro-évolutives d’une plasticité phénotypique sur (a) la phénologie de la reproduction et (b) la qualité phénotypique. Cette approche sera restreinte aux espèces pour lesquelles nous disposons de données individuelles à moyen terme, c’est-à-dire sur plusieurs générations identifiées (a minima relation mère-fille). Pour cette première partie, la personne recrutée sera amenée à mettre en œuvre des analyses de chemin (“path analysis”). La vérification et la mise en forme d’une partie des données occupera une partie importante du temps en début de contrat.

Si le temps le permet, une 2nde partie pourrait concerner tout d’abord l’estimation du degré de synchronie entre l’abondance des populations des différentes espèces et les fluctuations interannuelles des niveaux de fructification forestière. Le calcul des valeurs s’appuierait sur les suivis à long terme de l’abondance des oiseaux nicheurs, des espèces de reptiles, de chauve-souris, de micromammifères et d’ongulés sauvages, et leur succès reproducteur. L’évaluation des niveaux de fructification s’appuierait quant à elle sur plusieurs sources d’information : (a) les mesures de fructification du chêne et du hêtre réalisées dans le cadre d’un Observatoire de la reproduction du Sanglier, (b) les mesures de pollens aériens de diverses essences collectées par le Réseau National de Surveillance Aérobiologique. Dans un second temps, la personne recrutée pourrait également évaluer les conséquences des fluctuations interannuelles des niveaux de fructification sur la qualité phénotypique des individus (la condition corporelle et la charge en parasites externes).

Compétences

- Connaissances approfondies en dynamique des populations et en écologie des vertébrés (ongulés sauvages, oiseaux forestiers ou reptiles) ;
- Connaissances / intérêt pour la gestion de la faune sauvage et du milieu forestier et les questions scientifiques finalisées ;
- Analyses de données dans le cadre des modèles linéaires généralisés dans l’environnement R de préférence (modèles hiérarchiques) ;
- Analyses des relations structurelles des données (analyse de chemin - "path analysis") dans l’environnement R de préférence ;
- Analyses de données longitudinales (en particulier de suivi d’abondance et de données de capture-recapture au sens large) ;
- Modélisation de la dynamique des populations (matrices de Leslie) ;
- Des connaissances en statistiques bayésiennes seraient appréciées (BUGS, JAGS, NIMBLE...) ;

- Capacité à travailler activement en collaboration avec des partenaires locaux et distants ;
- Autonomie dans la gestion et l’analyse de données ;
- Très bonne Maîtrise de l’anglais (niveau C1 du cadre européen de référence pour les langues) et avoir démontré des capacités rédactionnelles en anglais (production d’articles scientifiques) ;
- Capacité à présenter les résultats devant un public de non-scientifiques / gestionnaires de la biodiversité ;

Contexte de travail

Le Centre d’Etudes Biologiques de Chizé (CBEC) est une unité mixte de recherche, (UMR-7372, https://www.cebc.cnrs.fr/), située à Villiers-en-Bois (79), associant chercheurs du CNRS et de la Rochelle Université. C’est un des laboratoires « phares » de CNRS Ecologie et Environnement du fait de son rayonnement international et ses thématiques de recherche en lien étroit avec la crise écologique. Son objectif principal est d’identifier les mécanismes et les processus qui régulent la dynamique de la biodiversité : comprendre comment les espèces s’adaptent – ou disparaissent – face aux changements naturels, ou induits par l’usage que fait l’homme de la nature. Les modèles d’études sont les vertébrés, reptiles, oiseaux mammifères, terrestres et marins. Les recherches fondamentales contribuent directement aux solutions environnementales et aux mesures de protection des écosystèmes et de la biodiversité. Les perspectives de recherche s’inscrivent dans le contexte de la gestion durable des ressources naturelles, en couvrant aussi bien la gestion des espaces que celle des espèces menacées, invasives ou exploitées. Le CEBC a une longue histoire de collaboration scientifique avec des partenaires en charge d’études et de recherche sur la faune sauvage et le milieu forestier tels que l’Office Français de la Biodiversité et l’Office National des Forêts. La réputation scientifique internationale du CEBC est le fruit d’un travail collectif qui s’appuie notamment sur des séries à long-terme de populations animales, uniques en leur genre.

La personne recrutée sera le maillon essentiel d’une collaboration étroite et continue avec Maryline PELLERIN (Office français de la biodiversité, Service Conservation et gestion durable des espèces exploitées), Cyril ERAUD (Office français de la biodiversité, Service Conservation et gestion des espèces à enjeux), Charles-André BOST (Directeur, et membre de l’équipe « Prédateurs marins » du CEBC), Xavier BONNET (équipe « Ecophy » du CEBC), Clayre GRUMIAUX (Chargé de mission coordinatrice du projet Forêt Chizé au CEBC), ainsi que les autres personnels impliqués dans ce projet sur l’écosystème forestier de Chizé (OFB, CEBC, LBBE et ONF). Enfin, le travail du post-doctorat s’intégrera dans un travail plus large autour du rôle des ressources pulsées sur les communautés de vertébrés, notamment en lien avec un projet ANR PURE porté par le LBBE pour lequel 2 post-doctorats seront recrutés courant 2025.

Contraintes et risques

pas de risques particuliers.
le CEBC est un site de travail relativremernt isolé, au coeur de la foretr de Chizé, à 25 km de Niort (gare TGV).