Missions

Dans le cadre du projet MIST financé par l'ANRS|MIE, l'ingénieur-e sera principalement en charge d'analyser les données du Système National des Données de Santé (SNDS). Iel mettra en place des méthodologies de partage des données avec les partenaires du projet. Iel sera aussi chargé-e de la mise en place de méthodologies de référence pour la réutilisation de données cliniques récoltées dans le cadre du soin courant.

La personne idéale aura de bonnes compétences en algorithmique et programmation (SAS, R ou Python), des connaissances robustes en mathématiques et statistiques et en création de base de données. Elle sera capable de concevoir des stratégies d’analyse originales des données de manière autonome. Une expérience en épidémiologie sera un atout. Des connaissances en microbiologie, infectiologie ou en recherche clinique seront appréciées.

Activités

- création, extraction, nettoyage et gestion de bases de données et création de bases de données
- analyses statistiques
- mise en place de méthodologies de référence pour la réutilisation de données cliniques de routine
- rédaction de rapports et d'articles scientifiques
- présentation des résultats à des réunions et conférences
- interaction avec des professionnels, agences et autorités de santé

Compétences

- connaissances avancées en épidémiologie
- création et gestion de bases de données
- connaissances avancées en statistiques
- connaissances de base en modélisation mathématique
- connaissances de base en microbiologie
- excellente maîtrise d'au moins un langage de programmation couramment utilisé en statistiques (SAS, R, Python)
- maîtrise de l'anglais (écrit, lu, parlé)

Contexte de travail

Le CIRB est un des laboratoires en pointe de la recherche interdisciplinaire en France :
https://www.college-de-france.fr/fr/recherche/centre-interdisciplinaire-de-recherche-en-biologie-cirb

Au sein du laboratoire, l'équipe Écologie et évolution de la santé s'intéresse en particulier aux infections sexuellement transmissibles et au microbiote vaginal :
https://www.college-de-france.fr/ecology-evolution-of-health

Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet ANRS|MIE MIST, qui vise à comprendre les associations entre infections sexuellement transmissibles (notamment par le virus de l'immunodéficience humaine, VIH, et les papillomavirus humains, HPV) et le microbiote vaginal. Il repose en grande partie sur l'exploitation des données du Système National des Données de Santé (SNDS) et une expérience de l'ingénieur-e sur le sujet sera un atout. Une seconde activité consistera à organiser la réutilisation de données cliniques collectées en routine au sein de l'Institut Alfred Fournier http://www.institutfournier.org/

L'ingénieur-e sera sous la supervision directe de Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS, Anne ThiÉbaut, chargée de recherche à l'INSERM, et de Mircea T. Sofonea, maître de conférences à l'Université de Montpellier. Il ou elle interagira aussi régulièrement avec les autres membres des équipes, permanents ou précaires, en particulier au travers des réunions hebdomadaires d'équipes.

Des profils d'ingénieur d'étude (niveau BAC+5) pourront être considérés.

Contraintes et risques

Les principales contraintes liées à ce poste sont au niveau des conditions de travail avec notamment un travail sur plusieurs sites à Paris (CIRB, CESP et Institut Alfred Fournier) et des missions potentielles à Montpellier pour faire le lien entre les équipes partenaires.

L’accès aux données du SNDS est conditionné par l’obtention d’une habilitation à exploiter ces données après une formation obligatoire et l’acceptation d’un protocole de recherche par une autorité d’enregistrement. Le CNRS et l’Inserm disposent d’un accès permanent au SNDS exhaustif.