Missions

Développer de nouveaux pipelines d’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore et traiter les données de séquençage à haut débit produites par la plateforme GenomiqueENS.

Activités

En vue de renforcer son activité de recherche et développement en séquençage à haut débit lectures longues et cellule unique, la plateforme GenomiqueENS de l’Institut de Biologie de l’École normale supérieure (IBENS, Paris 5ᵉ) recherche un·e ingénieur·e en bioinformatique pour un contrat de 12 mois pour améliorer la qualité de nos prestations et permettre l’analyse des données d’un plus grand nombre de projets. Dans ce cadre :
• Vous aurez en charge le développement de pipelines pour l’analyse de données de transcriptomique longues lectures nanopore adaptés aux prestations de la plateforme de génomique ;
• Vous mettrez en place des protocoles d’analyse tertiaire (GeneOntology, GSEA…) pour des données RNA-seq bulk et single-cell ;
• Vous participerez à l’analyse des projets (lectures courtes et longues) qui nous sont confiés dans le cadre de notre activité de prestation (RNA-seq et scRNA-seq) de recherche en collaboration avec les chercheurs ;
• Vous évaluerez des outils IA pour l’annotation structurale de génomes mal ou peu annotés ;
• Vous participerez à l’organisation de formations en bioinformatique sur le séquençage de données nanopore et lors de l’école EBAII « Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit » ;
• Vous contribuerez à la veille scientifique dans le domaine des outils d’analyses des résultats de séquençage de lectures longues ;
• Enfin, vous participerez et présenterez les avancements de vos projets lors de réunions mensuelles internes à la plateforme, de séminaires ou de congrès.

Compétences

Bioinformaticien·ne titulaire d’un doctorat, vous maîtrisez les langages/outils :
• Python ou Java et des notions de programmation objet ;
• R (Bioconductor) et l’utilisation des outils statistiques ;
• Outils d’analyse de données de RNA-seq sur cellule unique (SEURAT, Scanpy…) ;
• Un ou plusieurs gestionnaires de workflows (Nextflow, Snakemake, Eoulsan…) ;
• L’utilisation de Git et GitHub pour le suivit des versions du code source.
La maîtrise du shell (Bash) et de l’environnement de travail Linux est requise pour ce poste. Une expérience de l’utilisation des outils de conteneurisation (Docker, Singularity, Podman, Conda…) et des outils de soumissions de taches sur les clusters de calcul (SLURM, HT-Condor…) serait un plus.

Une bonne compréhension des problématiques biologiques est essentielle, car l’analyse des données sera effectuée en étroite interaction avec les biologistes.
La connaissance de l’anglais (lu, écrit, parlé) est nécessaire. Par ailleurs, vous devrez faire preuve de rigueur, de dynamisme et d’esprit d’équipe pour intégrer dans les meilleures conditions notre plateforme.

Contexte de travail

L’Institut de biologie de l’ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.
Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l’IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.
L’activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l’évolution.
La plateforme GenomiqueENS de l’IBENS (https://genomique.biologie.ens.fr) existe depuis 1999 et a pour but de faciliter l’accès des laboratoires publics à l’utilisation des technologies à haut débit et d’accompagner les utilisateurs dans l’analyse des données en génomique fonctionnelle.
L’équipe est composée de 6 personnes réparties entre biologistes et bioinformaticiens. La plateforme certifiée ISO 9001, labellisée IBiSA et membre du consortium France Génomique, propose des services collaboratifs et développe également des projets de R&D. Elle dispose de séquenceurs à haut débit (Illumina NextSeq 2000, Oxford Nanopore Technologies MinION et PromethION P2) et de l’infrastructure informatique nécessaire à l’analyse des résultats obtenus.
Notre plateforme est reconnue au niveau national et international pour ses développements technologiques dédiés au RNA-seq utilisant des séquenceurs nanopores. Nous avons par exemple développé un outil de contrôle qualité des runs nanopores (ToulligQC https://github.com/GenomicParisCentre/toulligQC) très utilisé par la communauté. En parallèle de ces travaux et prestations dédiés au RNA-seq sur lectures longues et courtes, notre plateforme propose des services de séquençage de transcriptome en cellules uniques produites par la technologie 10X Genomics.
Pour l’ensemble de ces services, nous avons développé différents outils modulaires permettant d’automatiser le traitement et l’analyse des données brutes produites par les séquenceurs pour fournir aux biologistes des résultats interprétables (Aozan : http://outils.genomique.biologie.ens.fr/aozan et Eoulsan : http://outils.genomique.biologie.ens.fr/eoulsan).

L’équipe d’accueil de la plateforme GenomiqueENS, dirigée par Morgane Thomas-Chollier comprend 3 ingénieurs biologistes et 3 ingénieurs bioinformaticiens.
Le/la candidat·e travaillera en étroite collaboration avec l’équipe bioinformatique de la plateforme sous la responsabilité de Laurent Jourdren.

Contraintes et risques

Travail sur écran et en présentiel sur site à l’IBENS.