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Post-doctorat (H/F) : segmentation 3D du ventricule gauche en ciné-IRM par apprentissage profond guidé par modèles géométriques paramétriques

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais
Date Limite Candidature : dimanche 30 avril 2023

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Post-doctorat (H/F) : segmentation 3D du ventricule gauche en ciné-IRM par apprentissage profond guidé par modèles géométriques paramétriques
Référence : UMR6602-LAUSAR-004
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : CLERMONT FERRAND
Date de publication : mardi 14 mars 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 4 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : A partir de 2805€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Sciences de l'information : traitements, systèmes intégrés matériel-logiciel, robots, commandes, images, contenus, interactions, signaux et langues

Missions

La personne recrutée devra mettre au point des d'outils de segmentation d'images de ciné IRM permettant de faciliter l'estimation de la fonction myocardique 3D. Il s'agira d'intégrer au formalisme d'apprentissage profond une contrainte sous la forme de modèles géométriques. Ces modèles devront réaliser un compromis en termes de degrés de liberté pour représenter la variabilité anatomique des parois myocardiques tout en contraignant suffisamment la prédiction finale.

Activités

- recherche de la meilleure paramétrisation géométrique
- implémentation du modèle de réseau de neurones 2D pour la segmentation coupe à coupe du ventricule gauche
- généralisation en 3D pour la segmentation globale du myocarde
- prise en compte des discontinuités entre coupes IRM

Compétences

Nous recherchons un docteur en analyse de données et apprentissage par ordinateur avec si possible les compétences suivantes :
- Scientifiques : expérience en apprentissage par ordinateur et en particulier en apprentissage profond (classification et régression), applications à l'analyse d'images
- Informatiques : programmation Python / C++ avec une expérience des frameworks d'apprentissage machine (TensorFlow / PyTorch)

Contexte de travail

Le travail sera réalisé à l'Institut Pascal sur le site de la Faculté de Médecine de Clermont-Ferrand (axe Thérapies Guidées par l'Image), en interaction avec l'équipe MYRIAD du laboratoire CREATIS. Plusieurs séjours sont prévus à Lyon pour matérialiser cette collaboration entre les deux laboratoires. Il sera encadré par Laurent Sarry (Institut Pascal) et Patrick Clarysse (CREATIS).

Informations complémentaires

Le post-doc est financé par le Labex PRIMES.