Missions

Cette offre s'inscrit dans le cadre de la plateforme IGDRion (https://igdr.univ-rennes.fr/igdrion) de l'IGDR. L'objectif du projet vise à identifier et caractériser des gènes régulateurs de type ARN longs non-codants (lncRNAs) qui modulent la plasticité cellulaire et la résistance des cellules tumorales.
Le projet s'organise en collaboration avec des équipes spécialisées dans l'annotation fonctionnelle des ARN, dans l'utilisation de technologies innovantes telles que le CRISPRa (gain de fonction) et le séquençage par lectures longues (Long-Read RNAseq ou LR-RNAseq) de la technologie Oxford Nanopore (ONT).
Les missions de l'ingénieur.e seront organisées autour de deux axes :
• L'ingénieur.e intégrera les protocoles de séquençage d'ARN par ONT au sein du d'IGDRion.
• L'ingénieur.e participera au développement et/ou à l'utilisation d'outils bioinformatiques pour l'analyse des données LR-RNAseq d'ONT.

Activités

• Séquençage d'ARN par la technologie ONT.
o Participer au design expérimental des expériences
o Comparer les protocoles de séquençage direct d'ARN ou direct ADNc.
• Analyse de données de séquençage de transcriptome par lectures longues (LR-RNAseq)
o Réaliser la veille technologique et la comparaison des méthodes pour la reconstruction de transcrits par LR-RNAseq.
o Développer, tester et mettre en place un pipeline bioinformatiques d'analyse des données issues de séquenceurs ONT.
• Participation aux réunions d'avancée du projet avec les équipes collaboratrices
o Diffuser et valoriser les résultats du projet, notamment sous forme de rapports techniques

Compétences

• Master en bioinformatique
• Expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit, si possible long-read (Oxford Nanopore)
• Connaissances de l'environnement Unix/Linux, et d'au moins un langage de programmation (Python, Perl ou R)
• Connaissance appréciée en biologie moléculaire dans la construction de banques de séquençage.
• Expérience appréciée dans l'utilisation d'un cluster de calcul et d'un gestionnaire de pipelines d'analyses pour une démarche FAIR.
• Sens de l'organisation permettant le suivi de projets différents impliquant des collaborateurs venant d'horizons divers (gitlab, github, notebook).
• Autonomie et rigueur
• Goût pour le travail en équipe
• Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Contexte de travail

L'Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR ; CNRS-UMR6290) est l'un des principaux instituts de recherche dédié à la recherche fondamentale en biologie de la région Bretagne.
Fort de ses ~200 membres, l'IGDR s'engage dans la conception d'approches innovantes et pluridisciplinaires pour développer une meilleure compréhension quantitative et dynamique de la vie, explorer la régulation, la dynamique et la robustesse de la division et de l'identité des cellules. L'IGDR développe une activité scientifique liée à des approches aux frontières des mathématiques, de la physique, de l'informatique et de la biologie.
Récemment, l'IGDR a développé un plateau de séquençage "long-read" par la technologie ONT et dispose de 2 MinION et un GridION. De plus, un accès privilégié la plateforme bioinformatique Genouest facilite l'analyse des données générées. En collaboration avec l'équipe PLATON des Drs David Gillot et Cédric Coulouarn de l'unité INSERM COSS de Rennes, le programme de recherche a pour objectifs d'identifier et de caractériser fonctionnellement les lncRNAs impliqués dans la transition EMT (épithélio-mésenchymateuse) alimentant la résistance aux thérapies et les rechutes.
La ville de Rennes est une ville vivante et dynamique de l'Ouest de la France avec un accès facile et direct à Paris (1h 20 min en train). Grâce à sa qualité de vie élevée, son environnement attrayant et sa population étudiante dynamique, elle est régulièrement considérée comme l'une des villes les plus agréables à vivre en France.