Missions

La personne recrutée sera impliquée dans le développement et la validation de workflows pour le traitement et l'analyse de données métagénomiques dans le cadre du projet ABRomics (IFB et Institut Pasteur). Dans ce cadre, les analyses inclueront la détection des gènes et mutations associées à la résistance aux antibiotiques en passant par les étapes d’assemblage, de reconstruction de génomes (MAGs), et leur annotation taxonomique et fonctionnelle. Il/elle aura également en charge du développement et de l’implémentation d’algorithmes innovants pour la modélisation et la prédiction des dynamiques Eco-Evo des gènes de résistance. En particulier, il est envisagé la mise en œuvre d'algorithmes pour déduire les réseaux de co-occurrence résolus au niveau du (pan)génome afin de détecter et prédire les flux de gènes (ABR) récents. Un objectif sera le développement d’un workflow pour l’analyse des réseaux (pan)génomiques et la prédiction de la propagation potentielle de l'ABR dans les réservoirs/écosystèmes. Enfin, Il/elle aura également en charge l’interfaçage des workflows et de leur interopérabilité sous Galaxy (https://galaxyproject.org/).

Activités

- Développer et améliorer des scripts existants en Python/R
- Implémentation d’outils sous Galaxy
- Développement de workflows sous Galaxy
- Réaliser le traitement des données
- Gérer et maintenir les outils informatiques partagés
- Conseiller et former aux techniques et outils développés
- Appliquer et faire appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l’éthique, les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques
- Assurer une veille scientifique et technologique
- Rendre compte de l’évolution des travaux en comité restreint IFB et au consortium ABRomics, et participer aux réseaux professionnels
- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études

Compétences

Formation :
Formation en Bioinformatique ou informatique
Minimum Bac+5 (Master) de préférence
Compétences techniques / expériences :
- Développement d’outils bioinformatiques
- Intégration d’outils sous Galaxy serait un plus
- Environnements Linux
Connaissances :
- Bonnes connaissances en biologie et métagénomique
- Bonnes notions en programmation (Python fortement souhaité, R)
- Connaissance en biostatistiques/analyse de données
- Connaissance d'un environnement de cluster de calcul serait un plus
- Connaissance de l’API Galaxy
Compétences opérationnelles :
- Maîtrise de l’environnement Linux/Unix
- Pratique du Python, environnements virtuels, Conda
- Utilisation de Git
- Travailler en équipe
- Trouver des solutions techniques à une problématique donnée
- Anglais
Compétences comportementales :
- Être force de proposition
- Qualités d’écoute et de synthèse avec des interlocuteurs techniques et non techniques
- Autonomie technique et gestion des priorités
- Sens de l’organisation
- Prise de parole en public

Contexte de travail

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L’IFB est également le nœud français de l’Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).
L’IFB a pour missions :
1. de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d’une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),
2. de répondre à l’évolution rapide des technologies et des besoins ;
3. d’anticiper les futurs développements du domaine ;
4. d’assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
5. de favoriser l’engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;
6. d’assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel.

L’IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d’envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large (https://www.france-bioinformatique.fr/actualites/abromics-une-plateforme-numerique-sur-la-resistance-antimicrobienne-pour-stocker-integrer-analyser-et-partager-des-donnees-multi-omiques/). La plateforme répondra à deux objectifs principaux :
- Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, d'origine humaine, animale et environnementale, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés permettant de répondre à des questions de recherche liées à l’antibiorésistance qui ne pourraient pas être abordées sans une telle plateforme.
- Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l’antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d'agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables par les autorités de santé publique. Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives.
La combinaison de ces deux objectifs est unique à ABRomics: en reliant l'investigation de terrain dans de multiples secteurs à la recherche fondamentale, nous pourrons aborder les problèmes cliniques et environnementaux les plus urgents en utilisant un arsenal actualisé d'outils mathématiques et bioinformatiques. Conformément à ces deux objectifs, ABRomics fournira un outil unique de stockage et d'analyse des données aux diverses communautés qui s'attaquent au problème de la résistance aux antibiotiques.
Dans ce but, nous recrutons un-e ingénieur-e dont la mission principale sera d’assurer le développement des workflows d’analyse “standards” à partir des données de séquençage shot-gun ou métagénomique (type Illumina dans un premier temps, puis nanopore) depuis le contrôle qualité des données et l’assemblage, jusqu’au typage des bactéries analysées et la détection et la classification de gènes de résistances qu’elles hébergent.

Contraintes et risques

Contraintes et risques liés au travail sur un poste informatique.