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Post-doc sur l'évolution du microbiome des mammifères (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR5554-FREDEL-001
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : lundi 14 janvier 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2 540 et 3 523 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Dans le cadre du projet ERC Consolidator ConvergeAnt (https://www.convergeant-project.com/), nous sommes à la recherche d'un(e) post-doctorant(e) avec une bonne expérience dans la caractérisation et le traitement de données pour l'étude du microbiome. L'objectif global du projet est d'étudier les mécanismes qui sous-tendent la convergence évolutive entre les différentes lignées de mammifères myrmécophages (qui se nourrissent essentiellement de fourmis et termites). Le projet propose une approche intégrative pour répondre à cette question en combinant l'étude de la morphologie, du génome, et du microbiome de ces différentes espèces. Le(la) candidat(e) sera en charge de l'analyse des données moléculaires de la partie microbiome du projet en collaboration avec l'ingénieure responsable du laboratoire et la technicienne en charge de la production des données par métabarcoding 16S et séquençage metagénomique. Les analyses consisteront à étudier l'évolution du microbiome des mammifères en caractérisant notamment les patrons de phylosymbiose des microbiomes dermaux, oraux, et intestinaux chez une diversité d'espèces. La partie métagénomique se focalisera sur l'analyse des voies de dégradation de la chitine dans le microbiome intestinal des espèces myrmécophages.

Activités

- Terrain : Possibilité de participer à des missions de collectes d'échantillons en Guyane Française.
- Séquençage : Coordination des projets de séquençage en interaction avec les différentes personnes, plateformes et centre de séquençage impliqués dans le projet.
- Analyses : Analyses statistiques de données métabarcoding 16S pour la caractérisation du microbiome à partir de centaine d'échantillons. Assemblage et annotation fonctionnelle de données métagénomiques, caractérisation de voies métaboliques par analyses bioinformatiques.
- Publications : Rédaction d'articles scientifiques.

Compétences

- Publications antérieures de qualité sur la caractérisation et l'analyse du microbiome des vertébrés
- Expérience avec l'analyse statistique de données de métabarcoding 16S et métagénomiques.
- Maitrise des logiciels d'analyse du microbiome (QIIME et/ou MOTHUR, METAPHLAN, LEfSe) et de l'environnement R.
- Maitrise de l'anglais scientifique, oral et écrit.
- Capacité de travail individuel avec une grande rigueur.
- Capacité d'intégration et de travail en équipe.

Contexte de travail

Le projet ERC ConvergeAnt est porté par Frédéric Delsuc (http://fdelsuc.wixsite.com/homepage) de l'équipe Phylogénie et Evolution Moléculaire au sein de l'Institut des Sciences de l'Evolution (ISEM) UMR 5554 CNRS-UM-IRD-EPHE (http://www.isem.univ-montp2.fr/), situé sur le campus de l'Université de Montpellier. Ce projet intégratif fait l'objet de réunions régulières avec les autres personnes impliquées au sein du laboratoire auxquelles le(la) candidate devra participer.

Contraintes et risques

Aucun

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