Missions

Votre mission : rejoindre le nouveau projet ERC NOVELTEETH porté par Alexa SADIER à l'Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (ISE-M) en tant que chercheur postdoctoral. Ce projet vise à comprendre l'origine et la diversification d'une innovation majeure chez les mammifères – les classes de dents – du génotype au phénotype à l'aide d'approches interdisciplinaires. Pour ce faire, vous travaillerez sur des données morphologiques et transcriptomiques chez l'adulte et au cours du développement sur plusieurs espèces de chauves-souris provenant de différentes niches écologiques. Vous utiliserez des approches innovantes à haut débit et étendrez finalement ces résultats à d'autres mammifères. Ce poste offre une opportunité unique de travailler à la fois sur des données morphologiques et transcriptomique au cours du développement en utilisant des techniques de pointe tant sur le terrain qu'en laboratoire.

Activités

L'objectif principal est de déterminer précisément les signatures morphologiques et transcriptomiques de chaque classe de dents (incisives, canines, prémolaires et molaires) chez la chauve-souris afin de généraliser leur signatures chez les mammifères. Vous aurez également la possibilité de développer vos propres thématiques dans le cadre des recherches effectuées en laboratoire. Pour ce faire, vous devrez :
• Mettre en œuvre des techniques de transcriptomique spatiale chez les chauves-souris (dents en développement) – vous développerez la préparation des échantillons, la reconstruction et l'assemblage du transcriptome, l'interprétation des résultats à l'aide d'outils exclusifs des techniques utilisées 10x Visium, Xenium, Curio et/ou MERFISH.
• Établir des morphospaces au cours du développement en collaboration avec un doctorant – vous reconstruirez la signature morphologique de chaque classe de dents au cours du développement chez plusieurs espèces de chauves-souris à partir de μCT scans et développerez de nouvelles méthodes (landmark, morphométrie géométrique) pour comparer les morphospaces en développement aux données transcriptomiques. Vous travaillerez sur des μCT scans générés à l'ISE-M et/ou préalablement obtenus avec l'aide d'un technicien.
• Collecter des échantillons sur le terrain (Trinidad, République dominicaine) dans le cadre d'expédition de terrain intensives exigeant de longues heures de travail de nuit dans des endroits isolés.
• Collaborer avec un réseau international de collaborateurs
• Communiquer vos résultats – vous partagererez vos résultats par le biais de publications, de présentations lors de conférences internationales et de rapports.

Compétences

• Expertise en analyse bioinformatique de données transcriptomiques : cartographie du génome, assemblage
• Expertise en analyse statistique de données transcriptomiques : analyses comparatives de stades de développement et comparaison interspécifique dans un cadre phylogénétique contraint
• Expérience en biologie moléculaire : séquençage, transcription
• Expertise des pipelines d'analyse de données transcriptomiques
• Expertise en biologie évolutive : phylogénie, régulation des gènes
• Maîtrise des langages R ou python
• Revue de la littérature sur les méthodes applicables
• Très bon niveau d'anglais oral et écrit
• La pratique d'une activité d'extérieur/outdoor (randonnée, escalade, spéléologie) sera un bonus
• Des connaissances en morphométrie (segmentation sur scans, landmarking, morphométrie géométrique) sera un plus

Les candidats devront être titulaires d'un doctorat ou d'un équivalent dans une discipline connexe (biologie évolutive ou bioinformatique), avec une forte expérience en analyse statistique sous R ou python et en pipelines d'analyse de données transcriptomiques.

Contexte de travail

Le/la candidat(e) rejoindra le groupe NOVELTEETH porté par le Dr. A. Sadier (CNRS) au sein de l'équipe Macroevolution et Développement (https://isem-evolution.fr/equipe/equipe-macroevolution-et-developpement/), coordonnée par le Dr. C. Martinand-Mari (CNRS) au sein de l'unité de recherche Institut des Sciences de l'évolution de Montpellier (ISE-M). Vous travaillerez dans un environnement convivial dans une ville agréable, Montpellier. Le laboratoire est très collaboratif, vous bénéficierez de l'expertise de chercheurs de renommée mondiale en paléontologie, génomique, biologie évolutive et écologie.

Contraintes et risques

Risques associés au travail classique en laboratoire. Risques particulier : travail de terrain exigeant en milieu hostile (jungle, zone tropical) impliquant la manipulation d'animaux (chauves-souris). Ce travail implique du travail de nuit en horaire décalé impactant le sommeil durant les missions de terrain.

Informations complémentaires

Le contrat est 12 mois renouvelable jusqu'à 3 fois. Les candidats souhaitant s'investir dans le projet pour une longue durée seront préférés.