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Portail > Offres > Offre UMR5244-DIAMER-003 - Post doc H/F en écologie microbienne Montpellier (34)

Post doc H/F en écologie microbienne Montpellier (34)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 6 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR5244-DIAMER-003
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : vendredi 16 juillet 2021
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2700 et 3100 € brut/mois
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'aquaculture à l'échelle mondiale a été identifiée comme une activité pouvant favoriser la sélection et la propagation de la résistance aux antimicrobiens, non seulement par l'usage des antibiotiques mais aussi parce que les environnements aquatiques sont contaminés par des effluents terrestres sources de gènes de résistance et de bactéries antibiorésistantes. A ce jour, on sait encore peu de choses sur la résistance aux antimicrobiens dans les environnements ostréicoles. L'huître creuse Crassostrea gigas, exploitée pour l'alimentation humaine, est cultivée dans des zones côtières réceptacles de résidus d'antibiotiques, gènes de résistance et bactéries antibiorésistantes, ainsi que d'autres polluants connus pour co-sélectionner les gènes de résistance aux antibiotiques. Les antibiotiques sont aussi fréquemment utilisés dans les écloseries. Ainsi, la résistance aux antimicrobiens peut menacer la sécurité des écosystèmes marins côtiers, la durabilité de la conchyliculture et la santé humaine. Des données préliminaires obtenues au laboratoire IHPE ont montré que des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) sont présents dans les génomes des vibrions associés aux huîtres et sont exprimés par le microbiote associé aux huîtres (données métatranscriptomiques) (Rubio T et al, PNAS, 2019 ; Lucasson A et al., BioRxiv, 2020 ; Lagorce A et al., non publié). Un premier inventaire a mis en évidence une grande diversité d'ARG circulant dans des bactéries du genre Vibrio isolées des milieux côtiers ostréicoles (non publié). Le post-doctorat d'inscrit dans le projet européen SPARE-SEA visant à caractériser la propagation et la persistance des résistances aux antibiotiques dans les systèmes aquatiques exploités pour l'ostréiculture. L'objectif du post-doctorat sera (i) d'estimer l'occurrence et l'expression des ARG dans le microbiote d'huîtres échantillonnées le long des gradients d'anthropisation à l'aide d'une analyse métatranscriptomique et (ii) d'identifier les facteurs humains/environnementaux impliqués dans la sélection d'ARG dans les environnements marins côtiers grâce à des analyses statistiques. L'étude sera menée sur 4 sites ostréicoles européens.

Activités

Le.la chercheur.e postdoctoral.e sera en charge de la production et de l'analyse des données métatranscriptomiques. Il.Elle participera à l'extraction d'ARN et à la préparation des banques avec le soutien d'un technicien en biologie moléculaire, et développera un pipeline bioinformatique pour l'analyse des données NGS (contrôle qualité et filtrage, assemblage, annotation avec un focus particulier sur les ARG, analyses comparatives). Il.Elle sera également impliqué.e dans l'analyse des génomes bactériens pour l'inventaire des ARG. En fonction des gènes identifiés, il.elle développera des approches ciblées pour le criblage des échantillons de terrain par PCR digitale et réalisera les analyses statistiques pour identifier les facteurs de la sélection des ARG.

Compétences

Doctorat en écologie microbienne avec de solides compétences en biostatistique, bioinformatique et analyse de données NGS. Une expérience en RNAseq et en métatranscriptomique serait appréciée. Une connaissance des mécanismes de résistance aux antibiotiques serait un plus. Le.la candidat.e sera impliqué.e dans un consortium multidisciplinaire et devra donc avoir d'excellentes compétences en anglais ainsi que des capacités de communication orale et écrite. Il.Elle sera capable de travailler dans une équipe multidisciplinaire.

Contexte de travail

Le.la candidat.e effectuera ses travaux dans le cadre d'un projet européen impliquant de nombreux collaborateurs à travers l'Europe. Il.Elle rejoindra le laboratoire Interactions Hôtes Pathogènes Environnements (IHPE) site de Montpellier.

Contraintes et risques

L'unité de recherche est implantée sur deux sites (Montpellier et Perpignan), le.la candidat.e devra interagir régulièrement avec les personnels de Perpignan impliqués dans le projet. Il.Elle rendra compte de l'avancement du projet lors des réunions du consortium.

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