Missions

Réaliser l’analyse bio-informatique de projets de séquençage NGS long ou short reads mis en place par la plateforme dans le cadre de ses projets propres ou avec ses utilisateurs/utilisatrices, en adaptant si nécessaire les applications existantes aux besoins des projets

Activités

Réaliser le traitement bio-informatique des données de séquençage Nanopore ou Illumina issues de projets -omiques divers en utilisant des pipelines existants dédiés ; Adapter ces pipelines d’analyses à des projets spécifiques si nécessaire ; Gérer et maintenir les outils d’analyses partagés ; Réaliser les rapports d’analyse pour diffuser les résultats obtenus ; Assurer une veille scientifique et technologique des outils d’analyses pertinents pour les projets de la plateforme

Compétences

Langages de programmation bio-informatiques (Python, R, bash), utilisation et réalisation de containers (Docker, NextFlow) ; connaissances approfondies des outils bio-informatiques génériques autour des NGS permettant le traitement de données de séquences Nanopore ou Illumina ; une expérience en transcriptomique et génomique est nécessaire et une expérience en métagénomique sera un plus ; connaissances en biologie ; capacité à travailler en équipe; Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Contexte de travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL, UMR5242) est une unité mixte multi-tutelle (UMR Ecole Normale Supérieure de Lyon, CNRS, Université Lyon 1 et USC INRAe) qui comprend plus de 140 personnes et 13 équipes de recherche. Ces équipes ont pour objectif de comprendre comment le génome façonne le développement, la physiologie et l'évolution des organismes multicellulaires en étudiant des organismes modèles et non modèles. Multidisciplinaires, les équipes utilisent des approches expérimentales variées, et en particulier les données issues de nouvelles technologies de séquençage, dans leurs thématiques de recherche. L’institut est situé au sein de l'ENS de Lyon, dans le quartier et le biodistrict de Gerland, dans un bâtiment récent localisé au 32-34 avenue Tony Garnier.

L’ingénieur-e d'étude travaillera au sein de la plateforme de séquençage de l’IGFL (PSI), partie intégrante de l’IGFL, qui réalise des projets de séquençage NGS avec de nombreux groupes ou équipes, académiques ou privés. PSI a comme particularité de réaliser des projets en majorité collaboratifs nécessitant des mises au point de protocoles ou la mise en place de tests et d’approches nouvelles, pour lesquels des outils d’analyses bioinformatiques ne sont pas toujours disponibles. PSI dispose de plusieurs technologies de séquençage NGS (Illumina, Nanopore) pour réaliser ces projets.
L’IE sera placé(e) sous la responsabilité de Sandrine Hughes et Benjamin Gillet (co-responsables de la plateforme de séquençage NGS de l’IGFL). Ses principales interactions seront avec le personnel de la plateforme de séquençage mais également avec les collaborateurs et collaboratrices impliqués sur les projets.
Le contrat pourra éventuellement être renouvelé jusqu'à un an supplémentaire.

En intégrant le CNRS, nous vous proposons :
• Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
• 44 jours de congés / RTT par an
• D'excellentes conditions de travail
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
• Un site accessible en transport en commun + parking privé
• Participation financière au frais de mutuelle