Missions

L'ingénieur·e sera chargé·e de l’analyse bioinformatique de données issues des nouvelles technologies de séquençage NGS en soutien a deux équipes de l’IGFL (Equipes Heude et Leulier) travaillant sur des projets variés de génomique, transcriptomique et épigénomique dans des espèces animales modèles et non-modèles.

Activités

- Définir, en interaction avec les biologistes, le plan d'étude le mieux adapté au problème biologique posé
- Identifier les outils de bio-calcul adaptés aux questions posées permettant d'exploiter les données obtenues
- Réaliser les analyses de données biologiques des deux équipes, en utilisant les outils actuels de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse, y compris la mise en œuvre de pipelines analytiques
- Développer et/ou adapter des outils pour diffuser et mettre à disposition de la communauté scientifique locale, nationale et internationale, les données acquises par les équipes
- Diffuser et valoriser les résultats sous forme de rapports techniques, de publications ou de présentations orales

Compétences

- Licence en sciences de la vie (par exemple, biologie, génétique, bioinformatique). Un diplôme d'études supérieures (Master) en bioinformatique constituera un atout.
- Connaissances théoriques générales dans le domaine des sciences de la vie (physiologie, évolution, développement) et si possible dans le domaine de la génomique fonctionnelle.
- Connaissance théorique et pratique en programmation et biostatistique (langages R, Bash, Python et/ou équivalents)
- Maîtrise et/ou compréhension des outils d'analyse courants pour les données omiques incluant : séquençage à haut débit, notamment single cell pour la transcriptomique, l'épigénomique, la génomique
- Expérience dans l’utilisation du logiciel de version de contrôle Git
- Expérience de travail sur clusters de calcul (SLURM)
- Expérience dans l'utilisation de gestionnaire de pipelines d’analyse (ex : NextFlow, Snakemake)
- Intérêt pour les outils de visualisation interactive (ex: Shiny et/ou équivalent)
- Connaître la déontologie, l'éthique, la loi et la réglementation concernant le domaine de recherche (en particulier sur la confidentialité, sécurité informatique, sauvegarde et protection des données...)
- Travailler en interaction, savoir discuter et vulgariser, à la fois avec des biologistes expérimentaux et des bioinformaticiens
- Aptitude à la gestion de plusieurs projets en parallèle sur des sujets variés
- Maîtrise de l'anglais scientifique (oral, écrit)
- Disposer d'excellentes qualités relationnelles
- Capacité à travailler en équipe

Contexte de travail

L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) est une unité mixte multi-tutelle (École Normale Supérieure de Lyon, CNRS, Université Lyon 1, INRAe) qui comprend plus de 100 personnes et 13 équipes de recherche, utilisant toutes des données issues de nouvelles technologies de séquençage dans leurs thématiques de recherche. Il est situé au sein de l'ENS de Lyon dans le quartier de Gerland.

L'ingénieur·e sera mutualisé·e suivant les besoins de deux équipes de recherche pour soutenir les projets scientifiques en cours. Très diversifiés, les projets pourront concerner l'analyse quantitative de caractères transcriptomiques (e.g. single cell), génomiques, ou des problématiques d'épigénétique, et s'appliqueront à divers organismes modèles et non-modèles (drosophile, souris, poulet, lignées cellulaires humaines, organismes microbiens).

Contraintes et risques

-