Missions

L'équipe 'Signalisation, Plasticité et Cancer' de l'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) de Montpellier recherche un(e) candidat(e) ayant une expertise en bioinformatique et un intérêt pour la recherche translationnelle en oncologie. Il/elle travaillera sur un projet de recherche visant à explorer de nouvelles stratégies de séquençage génomique pour suivre la dissémination et la récidive du cancer colorectal. Le projet implique principalement le développement et la maintenance de nouveaux flux de travail analytiques pour l'analyse des données de séquençage nanopore, ainsi que la participation à l'analyse de différents types de données NGS (bulk et single-cell) provenant de plusieurs projets annexes dans le laboratoire.

The ‘Signaling, Plasticity and Cancer’ team at the Institute of Functional Genomics (IGF) in Montpellier is seeking a candidate with expertise in bioinformatics and interest in translational oncology research. S/he will work on a research project aimed at exploring new genomic sequencing strategies to track colorectal cancer dissemination and relapse. The project mainly involves the development and maintenance of new analytical workflows for the analysis of nanopore sequencing data, as well as participation in the analysis of different types of NGS data (both bulk and single-cell) from several projects in the lab.

Activités

• Génération de données nanopores issues de simulations in-silico
• Développement d'algorithmes et d'outils pour l'analyse, l'étalonnage et l'évaluation de la qualité des données de séquençage génomique par nanopore.
• Soutien aux études de recherche en laboratoire par le biais d'analyses bioinformatiques et statistiques, y compris la mise en œuvre de pipelines analytiques et l'utilisation de divers outils statistiques.

• Generation of in-silico simulated nanopore datasets
• Development of algorithms and tools for analysis, benchmarking, and quality assessment of nanopore genomic sequencing data
• Support lab research studies through bioinformatics and statistical analyses, including the implementation of NGS analytical pipelines and the use of various statistical packages

Compétences

• Licence en sciences de la vie (par exemple, biologie, génétique, bioinformatique). Diplôme d'études supérieures (Master) en bioinformatique de préférence
• Au moins 2 ans d'expérience avec les pipelines et algorithmes d'analyse NGS
• Solides compétences en programmation bash et R
• Des connaissances en biologie du cancer et/ou en séquençage Nanopore sont fortement souhaitées.
• Intérêt pour l'application d'outils bioinformatiques en recherche translationnelle
• Capacité à travailler dans un contexte multidisciplinaire sur des projets collaboratifs
• Bonne communication en anglais, tant à l'écrit qu'à l'oral

• Bachelors in Life Sciences (e.g., Biology, Genetics, Bioinformatics). Graduate degree (M.S.) in Bioinformatics strongly preferred.
• Minimum 2 years of experience with NGS analysis pipelines and algorithms
• Solid bash and R programming skills
• Knowledge in cancer biology and/or Nanopore sequencing is very welcomed
• Interest in applying bioinformatic tools in translational research
• Ability for working in a multi-disciplinary context on collaborative projects
• Good communication skills in English, both written and spoken

Contexte de travail

L'institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) est une Unité Mixte de Recherche CNRS (UMR5203) – INSERM (U1191) - Université de Montpellier à vocation multidisciplinaire dont les programmes de recherche couvrent les domaines des neurosciences, de la physiologie et de la biologie du cancer. Situé sur le campus Arnaud de Villeneuve, à proximité des hôpitaux universitaires et de la nouvelle Faculté de médecine, l'IGF offre un environnement scientifique dynamique et stimulant, favorisant les opportunités de recherche translationnelle et clinique.
Le/la candidat(e) travaillera sous la responsabilité du Dr. Laia BASSAGANYAS au sein de l'équipe "Signalisation, Plasticité et Cancer" dirigée par Dr Julie PANNEQUIN.

The IGF is a joint CNRS (UMR5203) – INSERM (U1191) - University of Montpellier research center hosting research programs that range from structural analysis of molecules to integrative biology and translational research, in the fields of neuroscience, endocrinology, cardiology and cancer biology. Located on the campus 'Arnaud de Villeneuve', near the university hospitals and the new Faculty of Medicine, the IGF provides a dynamic and stimulating scientific environment, fostering opportunities for translational and clinical research.
The candidate will work under the responsibility of Dr. Laia BASSAGANYAS in the “Signaling, Plasticity and Cancer” team led by Dr Julie PANNEQUIN.

Contraintes et risques

- Travail sur écran

- Working on screen