Missions

La personne travaillera selon une approche interdisciplinaire, génétique et d’ethnoécologique au sein du projet RESILIANCE (Résilience des châtaigneraies fruitières et innovation de techniques culturales face aux changements globaux). C'est un projet participatif financé par le MASA (Ministère de l’Agriculture et de la Sécurité Alimentaire) dans le cadre de son programme PARSADA. Ce projet porté par le CNRS travaille en complémentarité avec 5 autres projets de la filière châtaigne dans le cadre du Plan National d'Actions Châtaigne animé par le Syndicat National des Producteurs de Châtaignes. L'ensemble de ces projets intègre de nombreux acteurs des territoires castanéicoles français aux échelles régionale et nationale. La personne contribuera à l'objectif premier du projet RESILIANCE qui est d’apporter à la filière castanéicole des éléments pour envisager une châtaigneraie robuste, notamment dans le cadre du changement climatique. La personne recrutée contribuera à l’action 2 de ce projet, décrite ci-dessous.
Action 2, Caractérisation des variétés par le génotypage, le phénotypage et le recueil des savoirs locaux.
Cette action portera sur la caractérisation de la résilience d’une gamme variétale étendue ainsi que de châtaigniers poussant spontanément, en se focalisant sur la région méditerranéenne. Menée au sein des fermes et dans leurs alentours, ces études interrogerons également les savoirs locaux des producteurs sur différents traits des arbres, dont notamment certains stades phénologiques, le comportement vis à vis de la sècheresse et des hautes températures, les caractéristiques de la floraison et de la fructification. Notre hypothèse est que cette région est susceptible d’abriter des variétés ou des porte-greffes ayant déjà été sélectionnés pour leur résilience aux températures élevées et aux sécheresses. Nous espérons ainsi identifier une gamme de ressources génétiques directement utilisables par la profession castanéicole dans le contexte des changements en cours. L’Ingénieur d’études contribuera à des fiches variétales produites dans le cadre de RESILIANCE et à la projection des variétés et francs pieds identifiés dans des bases cartographiques topoclimatiques générées par ailleurs par ce projet. Ces cartes incluront la position des fermes actuellement en production, ceci après accord préalable des producteurs concernés. La personne, à tous les niveaux de ses travaux devra gérer les dimensions éthiques relatives au RGPD et au Protocole de Nagoya. Il contribuera aussi à développer avec les autres membres de l’équipe de RESILIANCE un Outil d’Aide à la Décision (OAD) qui sera testé avec les producteurs à travers des séries d’ateliers participatifs à l’échelle régionale.
La personne recrutée aura pour mission de mener des recherches sur le terrain dans des fermes, en étroite relation avec les producteurs, mais aura aussi une activité majeure de génotypage et de phénotypage du matériel récolté. Les activités de génotypage supposeront de récolter les échantillons sur le terrain (feuilles), de procéder à l’extraction de l’ADN et de mener tout le processus de génotypage en utilisant les deux plateformes ( GEMEX au CEFE et GenSeq à l’ISEM).
Le phénotypage de la biologie florale et des fruits sélectionnés ou non par les humains, supposera un ou deux autres passages sur le terrain à la saison de la floraison et de la fructification sur les mêmes fermes visitées précédemment, mais aussi des mesures en laboratoire.
Les sites d’étude seront l’Ardèche, Les Cévennes (Lozère, Gard et Haut Languedoc) et possiblement le Var et la Corse. Pour les régions éloignées, la personne collaborera en 2026 avec 2 Master en soutien à ces travaux notamment pour la partie génotypage en Corse, en collaboration étroite avec l’INRAE San Giuliano en Corse. En 2027, la personne encadrera un Master afin de faciliter la projection des variétés et des arbres issus de semis sur des cartes topoclimatiques produites dans le cadre de RESILIANCE.

Activités

La personne recrutée sera chargée de :
Mener des recherches en ethnoécologie sur une quarantaine de fermes dans les zones d’études précisées plus haut, non inclus les fermes situées dans le Var et en Corse où les recherches seront menées par des étudiants en Master ou d’autres membres de l’équipe RESILIANCE.
Développer l’échantillonnage des variétés et arbres issus de semis de ces fermes avec l’aide d’une part, des organismes régionaux en Ardèche et en Cévennes afin de cibler les fermes les plus appropriés pour les travaux en ethnoécologie..
Travailler étroitement avec l’équipe d’encadrement du projet RESILIANCE tout autant sur les savoirs locaux que sur les aspects de génétique et de phénotypage.
Collaborer avec les organismes régionaux en Ardèche (SDCA), Cévennes (APCC, ULRAC, CETA castanéicole), mais aussi avec l’INRAE Sans Giuliano, le GRPTCMC en Corse notamment pour harmoniser les protocoles d’enquêtes et les approches d’extraction et de génotypage.
Rédiger un rapport qui soit disponible en Juin 2027 au plus tard et contribuer à un ou plusieurs articles scientifiques portés par l’équipe scientifique et technique qui encadre ces travaux et possiblement- un article grand public ou une restitution auprès des acteurs de la filière châtaigne.

Compétences

Les compétences suivantes sont recherchées :
Parcours interdisciplinaire intégrant sciences humaines et approches techniques en biologie
Maitrise des logiciels RStudio et QGIS.
Expérience en génétique préalable requise (extraction et génotypage) et en bioinformatique.
Capacité à travailler en équipe sur un projet pluridisciplinaire.
Autonomie, capacité organisationnelle et force de proposition.
L'obtention du permis de conduire et une voiture pour les déplacements sur le terrain serait appréciable
Capacité à séjourner pour des périodes de terrain d’environ 5-7 jours consécutifs ou plus (10 à 15 jours au maximum)

Contexte de travail

Yildiz Aumeeruddy-Thomas (DR1 CNRS), porteuse du projet RESILIANCE encadrera l’ensemble de ces travaux. Elle est ethnoécologue et spécialisée dans l'étude des agroéco-systèmes méditerranéens structurés par des espèces arborées et la domestication des arbres. Elle s’assurera de la coordination entre les parties ethnoécologiques et les parties d’écologie évolutive en collaborant étroitement avec Mathilde Dufay (PR1, HDR, UM), qui co-encadre l’ACTION 2 de RESILIANCE. Mathilde Dufay est spécialisée dans les systèmes de reproduction chez les plantes, avec un intérêt particulier porté aux causes et conséquences de l’évolution des systèmes floraux. Ces travaux seront également co-encadrés par Patrice David (DR1, CNRS) spécialisé dans l'évolution des systèmes de reproduction (sélection sexuelle, hermaphrodisme, autofécondation), par des approches expérimentales, molécu-laires, de terrain, et théoriques. Il apportera sa vision en écologie évolutive sur la compré-hension des interactions entre diversité génétique clonale (celles des variétés, propagée par greffage) et diversité sexuée, représentée par les arbres des vergers abandonnés, repoussant de graines spontanément. En Corse, plus spécifiquement le généticien François LURO (INRAE San Giuliano) apportera aussi ses compétences notamment sur les protocoles de génétique, d’échantillonnage en Corse en collaboration avec Carine Franchi et Patricia Soullard (GRPTCMC et Chambre d’Agriculture de Haute Corse). En Ardèche, Julien MASSIAS (SDCA), en Cévennes Valentin (APCC) et dans le Haut Languedoc ; Jean-Michel Théviers (CETA Cas-taneicole HL) et Lilian Montserrat (ULRAC) seront les partenaires régionaux avec qui il s’agira de coordonner nos efforts.
Enfin Doyle Mckey (Prof Emérite Université Montpellier) spécialiste des interactions entre pratiques humaines et écologie évolutive des espèces cultivées, aidera aussi à la conceptua-lisation des questions de génétique des populations mais également sur l’échantillonnage et les protocoles d’enquêtes en ethnoécologie. Conjointement cette équipe aideront l’ingénieur à affiner les protocoles de recherche en vue de générer des données qualitatives et quantitatives qui soient analysables dans le temps imparti.
Le travail sur le terrain sera accompagné par Yildiz Aumeeruddy-Thomas lors de l’initiation des travaux afin de fournir des conseils sur les différentes méthodes de recherche, après quoi l’ingénieur d’étude travaillera seul ou avec l’aide ponctuellement de techniciens du CEFE membres de RESILIANCE pendant des périodes de 5 à 15 jours sur le terrain, selon les besoins.
Les activités de recherche en salle, de génotypage et de séquençage seront menées à la pla-teforme du CEFE GEMEX où l’ingénieur d’étude aura un tuteur pour le guider dans ses acti-vités. Toutes les analyses en ethnoécologie et en écologie évolutive seront encadrées par l'équipe des chercheurs impliqués. Les partenaires de RESILIANCE (SDCA, APCC, INRAE San Giuliano, GRPTCMC, ULRAC, CETA Castanéicole) soutiendront ce projet par leur connais-sance des territoires, après discussion des modalités de collaboration et peuvent être asso-ciés à des activités de terrain. Trois étudiants de master co-encadrés par l’équipe scienti-fique et l’ingénieur d’étude contribueront à ces travaux grâce au financement du projet RESILIANCE.

Contraintes et risques

Risques inhérent à la conduite en zone montagne qui nécessitera un temps d'observation, par les encadrants de la capacité de la personne recrutée à pouvoir conduite sur les route. Les encadrant à ce propos veilleron,s à apporter tous les conseils nécessaires afin que l'ingénieur puisse se déplacer dans les meilleurs conditions.