Missions

L'ingénieur-e devra prendre en charge de l'implémentation, l'optimisation et le développement des techniques de microscopie d'expansion en collaboration avec des équipes de recherche en neuroscience.

Activités

Les activités du/de la candidat-e s’inscrivent principalement dans le cadre d’un projet collaboratif ANR, et se résument à :
- Mise en place des protocoles de préparation des échantillons pour la microscopie d’expansion en tissu. Ces protocoles devront s’appliquer sur des tranches organotypiques de cerveaux de souris.
- Optimisation et développement des marquages avec des sondes fluorescentes spécifiques pour des protéines de membrane (protéines d’adhésion et récepteurs membranaires).
- Le traitement et l’analyse d’image (FIJI et Jupyter notebooks), reconstruction 3D des images de microscopie d’expansion avec le logiciel Imaris. Développer une méthode de segmentation des composants biologiques.
- Prise en charge de l’activité expansion au BIC :
o Formation les utilisateurs à toutes les étapes de la préparation d’échantillons, de l’acquisition des images et de leur analyse
o Organisation de séminaires et d’évènements permettant de déployer la technique
o Mise en place et participation à des collaborations scientifiques.
- Rédaction de protocoles et d’articles de recherche méthodologiques.

Compétences

- Maîtrise en biochimie de la protéine et des connaissances basiques en neurobiologie
- Solides connaissances en microscopie de fluorescence
- Expertise en traitement et analyse d'image et reconstruction 3D
- Participation à des projets de recherche
- Solides compétences en matière d'organisation et de communication
- Rigueur, motivation et capacité d'interaction avec les collègues et les collaborateurs
- Curiosité intellectuelle, goût pour la technologie et l'innovation
- Anglais niveau C1-C2

Contexte de travail

Le Bordeaux Imaging Center (BIC, UMS 3420) est la plus grande plateforme de microscopie d'Aquitaine. Le Pôle photonique du BIC fournit des prestations et des formations sur plus de 20 microscopes optiques à une large communauté de chercheurs du domaine biomédical public et privé.
L'activité de développement de microscopie photonique du BIC se consacre à l'implémentation et à la conception de techniques d'imagerie de pointe qui ne sont pas disponibles dans la communauté scientifique locale, donnant ainsi accès aux technologies les plus avancées. Dans ce cadre, la préparation d'échantillons biologiques pour l'imagerie photonique devient une des spécialités de notre plateforme.
Leurs échantillons biologiques sont observés à des échelles allant du centimètre, pour l'imagerie d'organes entiers, au nanomètre, pour le suivi de molécules uniques.
Le-la candidat-e sera sous la responsabilité directe d'une ingénieure de recherche CNRS en charge du développement méthodologique sur le pôle de microscopie photonique du BIC.
Lingénieur-e travaillera en proche collaboration avec les huit autres ingénieurs du pôle photonique, afin de s'intégrer dans l'organisation et le fonctionnement de la plateforme.
En effet, au-delà de l'activité de développement de la technique de microscopie d'expansion, le ou la candidat-e pourra participer à l'activité de service, en participant aux formations institutionnelles et aux formations individuelles des utilisateurs pour leurs accès à la plateforme.