Missions

La principale responsabilité de l'ingénieur.e sera de travailler sur des projets d'assemblage de génomes de champignons et de bactéries associés à l'algue A. nodosum (dont l'assemblage du génome est déjà disponible).
Ascophyllum nodosum est une algue brune commune que l'on trouve le long des côtes de l'océan Atlantique Nord. Une caractéristique unique de cette algue est son association mutualiste avec l'endophyte fongique "Mycophycias ascophylli" ainsi qu'avec d'autres champignons et bactéries. On sait très peu de choses jusqu'à présent sur l'importance de ces symbiotes pour l'algue, si ce n'est que la présence de M. ascophylli protège A. nodosum de la dessiccation.

Activités

La personne recrutée participera également à l'exploitation des données produites dans un contexte de génomique comparative et d'exploration des complémentarités fonctionnelles entre organismes. Le travail comprendra l'assemblage de génomes en utilisant des lectures longues et courtes, de l'annotation structurelle et fonctionnelle des génomes, de l'exploration de voies métaboliques impliquées dans les mécanismes symbiotiques induisant la production de composés actifs.

Les responsabilités incluent la réalisation d'analyses, la communication avec les partenaires, le suivi des développements actuels dans le domaine, la rédaction de rapports et potentiellement de l'enseignement.

Compétences

Un doctorat ou deux à trois ans d'expérience en ingénierie, à la fois en bioinformatique, en biologie moléculaire, en informatique ou dans des domaines connexes considérés comme pertinents pour le poste du projet.
Une expérience significative dans l'assemblage de génomes eucaryotes et procaryotes (idéalement avec des lectures longues) ainsi qu'une compréhension approfondie de la façon d'interpréter les résultats. Un intérêt pour l'analyse des voies métaboliques particulières sera un plus.
Capacité à travailler efficacement dans un environnement de ligne de commande Linux.
De bonnes aptitudes à la communication, tant à l'oral qu'à l'écrit, sont requises, ainsi que la capacité à collaborer avec des scientifiques d'horizons très divers.
L'accent sera mis sur les qualités personnelles, telles que la capacité à diriger des projets et à travailler dans un environnement collaboratif.
Une volonté d'apprendre de nouvelles méthodes et la capacité d'acquérir de nouvelles compétences sont essentielles pour ce poste.
Qualifications supplémentaires:
- Connaissance de l'annotation du génome d'organismes non-modèles et compétences en génomique comparative et des populations.
- De solides compétences en R ou en langages de script tels que Python seront appréciées.
- Expérience des outils utilisés pour assurer la reproductibilité, tels que Git, les conteneurs et les gestionnaires de flux de travail.

Contexte de travail

Ce travail sera réalisé dans le cadre du projet ANR SEABIOZ avec des partenaires académiques (Station Biologique de Roscoff, IRISA Rennes, Muséum d'Histoire Naturelle Paris) et un partenaire industriel (Roullier, St. Malo). Ce contrat s'inscrit dans une démarche pluridisciplinaire à la croisée de l'exploration de données massives de séquençage, de métabolomique et de biologie des systèmes. Ascophyllum nodosum est une algue brune commune que l'on trouve le long des côtes de l'océan Atlantique Nord. Une caractéristique unique de cette algue est son association mutualiste avec l'endophyte fongique "Mycophycias ascophylli" et d'autres champignons et bactéries. On sait très peu de choses jusqu'à présent sur l'importance de ces symbiotes pour l'algue, si ce n'est qu'on pense qu'ils protègent A. nodosum de la dessiccation et qu'ils sont bénéfiques à leur fonctionnement.