Master 2ème année en Bioinformatique et modélisation statistique (H/F)

Description du Poste

Les Missions

L’apprenti(e) participera à une thématique émergente au sein de l’unité qui vise à évaluer l’instabilité génomique radio induite au niveau pulmonaire. Ce projet vise à identifier l’effet d’une irradiation photonique sur un tissu pulmonaire humain dans une approche multi omique. Ce projet repose sur l'utilisation combinée d'un modèle humain ex vivo basé sur la culture de coupes pulmonaires humaines, d'un modèle murin et de l'application de technologies de pointe pour évaluer l'effet des radiations à l’échelle cellulaire (Single Cell RNA seq, mais aussi d’identifier les mutations (Whole Exome Sequencing) en collaboration avec des experts mondialement reconnus dans le domaine de la fibrose pulmonaire, de la transcriptomique et de la génétique.
La mission de l’apprenti(e) s’inscrit dans un projet de recherche utilisant des données de single-cell RNA-seq en cours de génération. Elle vise à lui permettre d’acquérir une formation à la fois théorique et pratique en analyse de données transcriptomiques à haute résolution, tout en contribuant activement au projet scientifique de l’équipe.

Les missions principales incluront :
- Contrôle qualité et prétraitement des données brutes, incluant l’évaluation des données issues du séquenceur, leur alignement sur le génome de référence humain et la génération des matrices d’expression.
- Construction d’un objet Seurat intégré, permettant de corriger les variations techniques (batch effects) et d’harmoniser les données issues de différentes conditions expérimentales.
- Validation des stratégies d’intégration, par l’évaluation de la correction des biais techniques tout en préservant la variabilité biologique pertinente.
- Identification et annotation des populations cellulaires, ainsi que l’analyse de leurs proportions dans les différentes conditions (notamment avant et après irradiation).
- Visualisation et validation des signatures cellulaires, notamment à l’aide de heatmaps et de gènes marqueurs caractéristiques de chaque type cellulaire.
- Analyse de l’expression différentielle, visant à identifier les gènes induits ou réprimés en fonction des conditions biologiques.
- Analyse des interactions cellulaires, en particulier via des approches ligand–récepteur, afin d’explorer les communications intercellulaires et leurs modifications selon les conditions étudiées.

Votre Profil

Nous recherchons un(e) candidat(e) préparant un diplôme de niveau Master en bioinformatique.

Compétences attendues :
Connaissances générales en biologie, bioinformatique, informatique et statistique.

Compétences opérationnelles :
Traiter des données et plus spécifiquement des données génomiques et transcriptomiques
Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse et des résultats
Savoir programmer dans différents langages informatiques
Interagir avec des biologistes et des bioinformaticiens
Transmettre des connaissances

Maîtrise informatique :
Développement : C, Python, R, Bash, Git (outils de versioning)
Systèmes : Linux, Windows
Infrastructure / Calcul : Serveurs partagés (HPC), Machines virtuelles

Qualités personnelles :
Rigueur et esprit d’analyse
Autonomie progressive
Capacité à travailler en équipe
Curiosité scientifique

Votre Environnement de Travail

Description de l'employeur

Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l’information et sciences de l’univers.
Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d’accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines.
Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : https://www.cnrs.fr/fr

L’apprenti(e) sera intégré(e) au sein du laboratoire Imagerie et Stratégies Thérapeutiques pour les Cancers et Tissus cérébraux - ISTCT, UMR CNRS 6030.
Les activités de recherche d’ISTCT visent à mieux comprendre la physiopathologie des tumeurs hypoxiques (cerveau-poumon) et identifier de nouvelles stratégies thérapeutiques ciblant la tumeur et son microenvironnement mais aussi à protéger le tissu sain environnant des traitements anti-cancéreux tels que la radiothérapie. L’unité ISTCT regroupe une cinquantaine de personnes associant des chercheurs/enseignants-chercheurs, cliniciens, techniciens/ingénieurs et étudiants de différents horizons favorisant le développement de recherches fondamentales, pré-cliniques et cliniques. L’unité mène des approches multidisciplinaires grâce notamment à des collaborations avec d’autres partenaires en chimie/radiochimie, physique, radiobiologie et bio-/nanomatériaux, et bio-informatique.

Conditions particulières d'exercice

Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs

Rémunération et avantages

Rémunération

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche