Missions

L'ingénieur biologiste concevra le développement et conduira la réalisation de projets permettant de déterminer le rôle de la composante virale dans l'environnement.


Les missions principales de l'agent seront :
1) l'accompagnement scientifique et méthodologique de l'émergence d'un axe fort au LEM (Laboratoire Écologie Microbienne) autour de projets intégrant la composante virale aux problématiques d'écologie microbienne explorées dans l'unité (relation diversité / fonctions associées aux cycles biogéochimiques, écologie de la santé, lutte antivectorielle).
2) la mise en œuvre d'expérimentations et projets visant à analyser le rôle de la composante virale dans les cycles biogéochimiques en couplant les approches de métagénomique aux techniques de biologie moléculaire et de microbiologie pasteurienne ainsi que d`analyse des stocks et flux de nutriments.

Ces missions seront réalisées dans le cadre d'une politique de mutualisation des ressources humaines et des moyens matériels en vigueur depuis de longues années dans l'unité, et dans le cadre du projet scientifique d'unité, notamment le front de science « Biodiversité microbienne et fonctions et services écosystémiques ».

Activités

-L'agent s'impliquera autant que de besoin dans les projets des chercheurs souhaitant intégrer l'étude de la composante virale des écosystèmes et apportera son expertise des approches culturales (extraction et culture à partir d'échantillons environnementaux) et indépendante de la culture (analyse de génomes et métagénomes).

-Il/elle développera des projets en propre, en collaboration avec d'autres membres de l'Unité, notamment sur le rôle de la diversité virale pour le fonctionnement des écosystèmes et les cycles biogéochimiques, contribuant là aussi à l'émergence d'un axe fort au LEM portant sur l'importance de la composante virale dans les problématiques d'écologie microbienne.

-Il/elle contribuera à renforcer le soutien aux membres de l'unité pour la maîtrise des outils « omics » et des approches standard de bioinformatique et de fonctionnement des pipelines d'analyse de données issues du séquençage haut-débit.

-Il/elle organisera la promotion des projets scientifiques et méthodologiques au LEM visant à intégrer la composante virale aux problématiques d'écologie microbienne, y compris pour l'activité de formation des personnels de l'unité. Ceci inclura de contribuer à la collaboration étroite avec les plateformes de la FR BioEENViS, notamment DTAMB et SYMBIOTRON pour les transferts réciproques de compétences en techniques d'analyses de la biodiversité, des interactions microorganismes-hôtes/vecteurs, et le PRABI pour le traitement des données de séquençage haut-débit et l'analyse statistique des grands jeux de données.

-Il/elle animera un collectif de personnels du LEM engagés dans l'étude de la composante virale pour les problématiques d'écologie microbienne.

Compétences

1/SAVOIR

Aspects scientifiques
-Expertise sur l'écologie des virus environnementaux en termes de biodiversité, distribution, et interactions avec les autres microorganismes (champignons, bactéries et archées) dans les écosystèmes, notamment dans le contexte de l'adaptation des microorganismes aux changements globaux et la résilience des écosystèmes.
-Compétence sur les liens existant entre (i) les virus et leur diversité et (ii) les cycles biogéochimiques.

Aspects méthodologiques
-Connaissance des approches de microbiologie pasteurienne et d'outils « omics » adaptés à l'analyse des virus dans l'environnement. Ainsi il est attendu la maîtrise : i) des méthodologies d'extraction des particules virales à partir d'échantillons environnementaux (i.e. sol, sédiment, eau, plantes), de culture et de conservation de ces particules, ii) des diverses techniques d'analyse de la biodiversité par séquençage haut-débit (Oxford Nanopore MinION, Illumina, etc) et du traitement des séquences de génomes et de métagénomes, et iii) des méthodes utilisant le marquage de l'ADN par des isotopes stables.

Réglementation
-Connaissance de la réglementation en matière d'hygiène et sécurité.

2/SAVOIR-FAIRE

-Rédaction de documents scientifiques (dossiers dans le cadre de demandes de financement, rédaction de publications).

3/SAVOIR-ETRE

-Curiosité intellectuelle
-Rigueur / Fiabilité
-Créativité / Sens de l'innovation
-Sens critique
-Sens de l'initiative
-Sens de l'organisation
-Aptitude à porter les valeurs de la structure
-Sens du collectif

Contexte de travail

Afin de faciliter le développement des projets en propre de l'agent sur le rôle de la diversité virale pour le fonctionnement des écosystèmes et les cycles biogéochimiques, il/elle sera rattaché.e à l'équipe DIVE_N. Les travaux développés dans cette équipe visent à comprendre les interactions entre la diversité fonctionnelle microbienne et végétale liée à l'azote et les composantes biotiques et abiotiques de divers environnements, afin d'apprécier la contribution de cette diversité aux fonctions et services écosystémiques.

L'agent.e sera amenée.e à interagir avec d'autres équipes du LEM pour lesquelles la composante virale est à ce jour peu/pas prise en compte dans les problématiques de recherche. Il/elle contribuera ainsi à l'émergence d'un axe fort au LEM portant sur l'importance de la composante virale dans les problématiques d'écologie microbienne.