Missions

Phénotypage de la morpho-anatomie des vertébrés et imagerie 2D et 3D : mettre en œuvre des techniques spécialisées pour obtenir des échantillons biologiques et les analyser au travers de techniques d'imagerie allant de l'organisme aux cellules.

Activités

- Dissection de vertébrés euthanasiés ou conservés en formol / éthanol- cela pourra inclure des activités de dissection fine de structures anatomiques particulières ; prélèvement, préparation (nettoyage, fixation, coloration) et conditionnement des échantillons (organisme entier, pièce squelettique, organe, structure fossilisée) pour différentes techniques de phénotypage
- Imagerie 2D : photographie macro, loupe binoculaire, microscopie en lumière blanche ou confocale
- Imagerie 3D : microtomographie par rayons X, photogrammétrie
- Analyse d'images : segmentation et reconstructions 3D, dissection virtuelle, morphométrie géométrique
- Veille technologique et intégration des outils d'intelligence artificielle dans l'analyse d'images 2D et/ou 3D
- Entretien et maintenance de premier niveau du matériel, gestion et élimination des déchets selon les règles d'hygiène et sécurité, gestion des stocks et des commandes de consommables
- Rédaction/actualisation des fiches de préparations et de protocoles techniques
- Initiation des utilisateurs aux techniques du domaine et aux équipements du laboratoire

Compétences

Savoirs :
- Connaissances en biologie générale et en anatomie des vertébrés
- Connaissances de la règlementation en matière d'hygiène et de sécurité

Savoir-faire :
- Maîtrise des techniques de dissection sur vertébrés
- Maîtrise de diverses techniques de préparations d'échantillons à imager (fixation, coloration de contraste, montage,...)
- Maîtrise de diverses techniques d'imagerie (photo macro, diverses techniques de microscopie [confocale, en lumière blanche, autres], microtomographie aux rayons X)
- Expérience dans l'utilisation de logiciels d'analyse d'images (Fiji, Avizo, Amira, MorphoDig, ZEN, LAS)
- Expérience en analyse des données morphologiques : morphométrie géométrique (pose de points repères [landmarks] 2D et 3D), analyse de contours, traitement statistique des données morphologiques et logiciels associés (R, Rstudio)
- Expérience dans le transfert des connaissances et formation des utilisateurs, incluant l'écriture de protocoles
- Gérer et organiser les données produites
- Organiser et gérer les priorités
- Savoir informer et rendre compte, à l'oral comme à l'écrit
- Bonne expression écrite et orale en anglais : niveau B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues).

Savoir-être :
- Motivation /Rigueur / Fiabilité
- Sens de l'organisation
- Capacité à travailler en équipe et sens du collectif
- Capacité d'adaptation et d'innovation
- Aisance relationnelle

Compétences considérées comme un plus :
- Connaissances sur l'utilisation de l'intelligence artificielle dans l'analyse d'images

Contexte de travail

L'Institut des Sciences de l'évolution de Montpellier (l'ISEM) développe depuis plus de 40 ans des recherches sur l'origine et la dynamique de la biodiversité et sur les modalités et les mécanismes de son évolution.
Ses recherches sur les questions fondamentales de la biologie évolutive concernent tout autant la biodiversité actuelle que passée, portent sur un large éventail d'organismes et de milieux et allient approches de terrain, expérimentales et théoriques.

La description des processus et des patrons évolutifs passe par le phénotypage des individus pour leur comparaison au sein des, ou entre les espèces. A l'ISEM, la description des phénotypes est mise en œuvre à diverses échelles et chez divers types d'organismes.

Rattachée au plateau technique mutualisé 'Morpho-anatomie des Vertébrés' du service commun 'Morpho' de l'ISEM, la personne recrutée collaborera avec toutes les équipes de l'ISEM développant des projets nécessitant un soutien technique en morpho-anatomie des vertébrés.
Il/Elle sera sous la responsabilité hiérarchique d'un-e chercheur-e/enseignant-e-chercheur-e affilié-e à l'une des principales équipes collaborant avec le plateau 'Morpho-anatomie des Vertébrés'.
Le plateau propose des espaces pour la dissection d'organismes vertébrés (y compris sous la loupe), la préparation des échantillons (dissection, fixation, coloration), la mise en œuvre de techniques d'imagerie 2D et 3D et l'analyse d'images.
Sur ce plateau, les utilisateurs préparent leurs échantillons en vue de diverses techniques de marquage et ou d'imagerie : microtomographie (cf plateau 'Microtomographie' de l'ISEM), histologie (cf plateau RHEM de l'UAR Biocampus), microscopie en lumière blanche ou confocal (cf plateau MRI de l'UAR Biocampus).
La personne recrutée devra faire la liaison avec les plateformes d'imagerie du campus hors unité, notamment la plateforme Montpellier Ressources Imagerie (MRI) de l'UAR Biocampus et avec les autres plateaux techniques de l'ISEM.