Ingénieur en génomique fonctionnelle des plantes H/F

Job Description

Missions

Vous assurerez le support technique en génomique au sein d'une équipe de recherche et en serez le ou la référent(e).
Par ailleurs, vous piloterez les activités expérimentales de l'atelier de génomique de l'unité.
Vous aurez pour mission de mettre en œuvre des techniques variées de génomique fonctionnelle et de génétique moléculaire pour comprendre les mécanismes de régulation de l'expression des gènes et des génomes en lien avec les variations de l'environnement et le changement climatique chez les plantes, en utilisant Arabidopsis thaliana comme modèle principal.

Activity

Approches expérimentales :

- Analyser, à partir d'échantillons de plantes, l'expression des gènes et du génome.
- Préparer des librairies de séquençage RNA-seq (séquençage de l'ARN), suivre le séquençage en lien avec des prestataires de séquençage publics/privés, et interpréter avec les chercheurs l'analyse réalisée par les bio informaticiens.
- Mener à bien des approches de single-nucleus RNA-seq (séquençage de l'ARN à l'échelle de la cellule unique), suivre le séquençage en lien avec des prestataires publics/privés, et l'interpréter comme indiqué ci-dessus.
- Réaliser des approches de RT-qPCR (en amont ou en validation des approches globales). Etudier les systèmes de régulation de l'expression des gènes ou du génome de plantes.
- Préparer des librairies de ChIP-seq, ATAC-seq, CUT&TAG, suivre le séquençage en lien avec des prestataires de séquençage publics/privés, et l'interpréter comme indiqué ci-dessus.
- Mener à bien des approches de single-nucleus ATAC-seq (analyse de l'état chromatinien à l'échelle de la cellule unique), suivre le séquençage en lien avec des prestataires publics/privés, et l'interpréter comme indiqué ci-dessus.

Autres activités :

- Rédiger et communiquer des résultats en réunion d'équipe.
- Assurer le planning, le contact avec les utilisateurs et l'organisation matérielle de l'atelier de génomique.
- Former des étudiants, post-docs, chercheurs aux techniques de génomique utilisées au laboratoire.
- Assurer une veille technologique sur les techniques de génomique des plantes.

Your Profil

Skills

- Connaissances souhaitées en biologie, développement et physiologie végétale.
- Connaissances approfondies des pratiques utilisées en biologie et génétique moléculaire des plantes pour l'étude de la régulation génomique (extraction d'ARN/ADN, purification de noyaux et analyse de la chromatine, librairies NGS, FACS).
- Connaissances de base en culture des plantes (systèmes in vitro, hydroponie).
- Expérience appréciée en plusieurs approches de génomique fonctionnelle.
- Savoir s'exprimer en Anglais B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir lire et comprendre des articles scientifiques et documentation techniques en Anglais

Aptitudes recherchées :

- Rigueur/Fiabilité
- Sens de l'organisation
- Aisance relationnelle
- Travail d'équipe.

Your Work Environment

Vous exercerez votre activité au sein de l'Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM). Vous serez affecté(e) à l'équipe SIRENE (Signalisation Nitrate et Régulation par l'Environnement, 5 chercheurs (H/F), 1 IE en bio-informatique) (50% de votre temps), et l'Atelier GEN2BIO (Génomique, Bio-informatique et Bioanalyse) commun à l'IPSIM (50% de votre temps).
Vous serez rattaché hiérarchiquement au responsable de l'équipe SIRENE.

L'IPSIM regroupe environ 130 personnes dont 76 permanents incluant 35 IT.
L'unité est organisée en 11 équipes, 8 ateliers et plateformes et 2 équipes de services communs.
Les recherches de l'IPSiM portent sur la nutrition hydrominérale des plantes et leurs réponses aux contraintes environnementales, visant une connaissance fondamentale des mécanismes de régulation qui y sont associées.
L'équipe SIRENE s'intéresse plus particulièrement aux mécanismes moléculaires et physiologiques de l'adaptation des plantes aux variations en nitrate et en CO2, à travers l'étude de réseaux de régulation génétique et de signalisation.

Compensation and benefits

Compensation

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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