Missions

Vous assurerez le support technique en génomique au sein d'une équipe de recherche et en serez le ou la référent(e).
Vous piloterez également les activités expérimentales de l'atelier de génomique de l'unité.
Votre mission consistera à mettre en œuvre des techniques variées de génomique fonctionnelle et de génétique moléculaire pour comprendre les mécanismes de régulation de l'expression des gènes et des génomes en lien avec les variations de l'environnement et le changement climatique chez les plantes, en utilisant Arabidopsis thaliana comme modèle principal.

Activités

Approches expérimentales :
Vous serez en charge d'analyser, à partir d'échantillons de plantes, l'expression des gènes et du génome :
- Vous préparerez des librairies de séquençage RNA-seq (séquençage de l'ARN), suivrez le séquençage en lien avec des prestataires de séquençage publics/privés, et interpréterez avec les chercheurs l'analyse réalisée par les bio-informaticiens.
- Vous mènerez à bien des approches de single-nucleus RNA-seq (séquençage de l'ARN à l'échelle de la cellule unique), suivrez le séquençage en lien avec des prestataires publics/privés, et l'interpréterez comme indiqué ci-dessus.
Vous réaliserez des approches de RT-qPCR (en amont ou en validation des approches globales).

Vous serez également en charge d'étudier les systèmes de régulation de l'expression des gènes ou du génome de plantes :
- Vous préparerez des librairies de ChIP-seq, ATAC-seq, CUT&TAG.
- Vous mènerez à bien des approches de single-nucleus ATAC-seq (analyse de l'état chromatinien à l'échelle de la cellule unique),
- Vous suivrez le séquençage en lien avec des prestataires publics/privés, et l'interpréterez comme indiqué ci-dessus.

Autres activités :
- Vous rédigerez et communiquerez des résultats en réunion d'équipe.
- Vous assurerez le planning, le contact avec les utilisateurs et l'organisation matérielle de l'atelier de génomique.
- Vous formerez des étudiants, post-docs, chercheurs aux techniques de génomique utilisées au laboratoire.
- Vous assurerez une veille technologique sur les techniques de génomique des plantes.

Compétences

- Connaissances souhaitées en biologie, développement et physiologie végétale.
- Connaissances approfondies des pratiques utilisées en biologie et génétique moléculaire pour l'étude de la régulation génomique (extraction d'ARN/ADN, purification de noyaux et analyse de la chromatine, librairies NGS, FACS).
- Connaissances de base souhaitées en culture des plantes (systèmes in vitro, hydroponie).
- Expérience appréciée en plusieurs approches de génomique fonctionnelle.
- Aptitudes recherchées : Rigueur, Fiabilité, Sens de l'organisation, Travail en équipe
- Savoir s'exprimer en Anglais B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Savoir lire et comprendre des articles scientifiques et documentation techniques en Anglais

Contexte de travail

Vous exercerez votre activité au sein de l'Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM). Vous serez affecté(e) à l'équipe SIRENE (Signalisation Nitrate et Régulation par l'Environnement: 5 chercheurs (H/F), 1 IE en bio-informatique) (50% de votre temps), et à l'Atelier GEN2BIO (Génomique, Bio-informatique et Bioanalyse) commun à l'IPSIM (50% de votre temps).
L'IPSIM regroupe environ 130 personnes dont 76 permanents incluant 35 IT.
L'unité est organisée en 11 équipes de recherche, 8 ateliers et plateformes et 2 équipes de services communs.
Les recherches de l'IPSiM portent sur la nutrition hydrominérale des plantes et leurs réponses aux contraintes environnementales, visant une connaissance fondamentale des mécanismes de régulation qui y sont associées.
L'équipe SIRENE s'intéresse plus particulièrement aux mécanismes moléculaires et physiologiques de l'adaptation des plantes aux variations en nitrate et en CO2, à travers l'étude de réseaux de régulation génétique et de signalisation.