Description du sujet de thèse

Les virus de la Dengue et du Zika sont transmis par les moustiques de type Aedes. Ils appartiennent à la famille des flaviviridae et sont apparentés aux virus de la fièvre jaune (YFV) et de la fièvre du Nil (WNV). Le virus de la Dengue (DENV) est considéré comme l’un des plus critiques : 400 millions d’infections sont répertoriées chaque année, soit environ 5% de la population mondiale. Lorsque la pathologie se déclare, différents symptômes sont observés : fièvre élevée, douleurs musculaires et articulaires, nausées, céphalées, éruptions cutanées etc… Concernant le ZIKV, la première émergence significative a été observée en 2007 dans les îles du Pacifique Sud et plus tard au Brésil, se répandant rapidement sur le continent Américain en 2015-2016. Avec plus de 580 000 contaminations autochtones, des cas de malformations congénitales (lésions oculaires et microcéphalies) et des désordres neurologiques ont été diagnostiqués. Actuellement, aucun traitement et vaccin efficaces n’existent contre ces virus. Dans la mesure où DENV et ZIKV se répandent chez des hôtes vertébrés et invertébrés, une stratégie efficace pour bloquer la transmission virale et la diffusion du virus serait de cibler des étapes spécifiques de la réplication virale. La conception de nouvelles voies thérapeutiques nécessite une compréhension précise des étapes du développement viral. Les ARNs sont reconnus comme étant des cibles intéressantes pour le développement d’agents thérapeutiques. Plusieurs structures d’ARN hautement conservées et localisées dans les régions non traduites (5’- et 3’-UTR) des génomes de DENV et ZIKV, jouent un rôle essentiel dans le cycle de réplication viral et dans le détournement de la machinerie cellulaire de l’hôte.
Le projet de thèse portera essentiellement sur la caractérisation de facteurs chez le moustique qui interagissent avec l’ARN génomique (ARNg) de ces virus, et également sur l’étude de complexes ARNg/protéines viraux régulateurs du cycle de réplication virale. Plusieurs approches biophysiques complémentaires seront ainsi utilisées : microcalorimétrie, spectrométrie de masse, Cristallographie, Résonance Magnétique Nucléaire, etc... Cette étude permettra de mieux comprendre les mécanismes fins mis en jeu afin de concevoir des modulateurs de ces événements moléculaires.

Contexte de travail

L’institut IBMC est situé au cœur du campus de l’université de Strasbourg, facilement accessible en bus et en tramway. L’unité « Architecture et réactivité de l’ARN », CNRS UPR 9002, est un laboratoire pluridisciplinaire où les thèmes de recherche développés portent sur la biologie du monde des ARNs. L’unité est structurée en 12 équipes et comptabilise un effectif total de 117 agents (H/F) dont 59 agents permanents (soit 25 chercheurs CNRS, 12 enseignants-chercheurs, 2 chercheurs INSERM, 19 ITA CNRS et 1 ITA Unistra), 4 chercheurs Emérites, 21 agents en CDD et 33 doctorants H/F.
Le/la doctorant-e sera accueillie au sein de l’équipe « Structure et Dynamique des machines biomoléculaires » qui compte 6 chercheurs, 4 ingénieurs, 1 post-doctorant et 2 doctorants.
La thèse sera rattachée à l’Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé (ED414).
Le/la doctorant-e pourra bénéficier de toutes les conditions matérielles (instrumentation, laboratoire), humaines (partage d’expertise) et informatiques nécessaires à la bonne réalisation du projet de thèse.
Le/la doctorant-e bénéficiera de l’accès à un restaurant administratif, d’une prise en charge partielle des titres de transports et d’un comité d’entreprises.
Le/la candidat-e doit être titulaire d’un master et/ou d’un diplôme d’ingénieur. Il/elle devra justifier de solides connaissances en biochimie des ARNs et des protéines, et en biophysique. Un intérêt marqué pour la bioinformatique et le traitement des données seront un avantage.
Le/la candidat-e doit maîtriser l’anglais à l’écrit et à l’oral (niveau C2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues) afin d’être en mesure de rédiger des rapports et de présenter des résultats lors de réunions et de conférences.
La candidature doit être accompagnée d’un CV détaillé, de 2 références, d’une lettre de motivation, d’un résumé du stage de Master, et des notes et classements du Master 1 et 2.

Contraintes et risques

Déplacements occasionnels pour l’acquisition des données RMN et Cristallographiques au sein de plateformes externes à l’unité. Les frais sont pris en charge par le laboratoire.