Description du sujet de thèse

Les viroïdes infectent les plantes et peuvent provoquer d'importantes maladies dans les cultures. Cependant, ils ne codent aucune protéine. Ainsi, toutes les interactions avec les mécanismes de réplication et de déplacement de la cellule hôte sont médiées par l'ARN. Pour mieux comprendre les interactions viroïde-hôte, la localisation et le trafic intra-/intercellulaire de l'ARN viroïde seront détectés et observés in vivo en utilisant les systèmes de marquage de l'ARN in vivo BglG et MS2 développés précédemment par l'équipe hôte. Ces systèmes de marquage de l'ARN consistent à marquer l'ARN viroïde avec des aptamères à boucle de tige qui permettent la détection par la liaison spécifique des protéines de liaison d'aptamères à l'ARN BglG / MS2-CP fusionnées à la GFP, qui sont co-exprimées. L'ARN viroïde sans aptamères à boucle souche sera utilisé comme contrôle négatif. En outre, vous appliquerez également un système rapporteur ARN indépendant des protéines (3WJ-4 × Bro). Comme les modifications de l'ARN viroïde peuvent interférer avec l'infectivité du viroïde, l'ARN viroïde modifié sera également exprimé par agroinfiltration, comme cela a été fait précédemment pour étudier l'ARN du virus de la mosaïque du tabac.
La détection spécifique de l'ARN viroïde sera confirmée par la colocalisation avec une protéine de liaison au viroïde telle que VIRP1 fusionnée à RFP. La localisation et le trafic des complexes ARN viroïde-VIRP1 ribonucléoprotéines (RNP) seront déterminés par imagerie des complexes avec les marqueurs cellulaires des membranes, du cytosquelette, du noyau et des plasmodesmes. En outre, pour identifier d'autres facteurs de l'hôte associés in vivo à l'ARN viroïde, l'ARN viroïde marqué MS2 / BglG sera isolé avec les protéines associées par chromatographie d'affinité à l'aide de billes d'affinité GFP. Les protéines associées seront identifiées à l'aide de la spectrométrie de masse et étudiées plus en détail pour la colocalisation in vivo avec VIRP1 et l'ARN viroïde marqué, ainsi que pour la signification fonctionnelle dans l'infection viroïde par la génétique inverse.
Ce projet offre des connaissances et une expérience en matière d'interactions plantes-pathogènes, de biologie cellulaire, de biologie moléculaire, de génétique et de biophysique. Le candidat (H/F) apprendra des techniques avancées, notamment le clonage de l'ADN, la caractérisation biochimique des complexes protéine-ARN et leur analyse par spectroscopie de masse, l'imagerie et la microscopie par fluorescence in vivo, la génétique d'Arabidopsis et la virologie végétale. Le candidat (H/F) sera également formé à la rédaction et à la communication, ainsi qu'à la présentation des résultats à différents publics.

Contexte de travail

Le poste est situé à l'IBMP à Strasbourg (France) et est disponible pour 36 mois, à partir de juin-juillet 2025. L'Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP ; http://www.ibmp.cnrs.fr) est le plus grand institut de recherche du CNRS en sciences végétales en France. Il héberge 18 équipes de recherche et est reconnu pour son expertise en génomique, génétique, métabolisme, biochimie, biologie cellulaire et physiologie moléculaire des plantes.

Le candidat (H/F) rejoindra le réseau d'actions doctorales Marie Skłodowska-Curie « ViroiDoc » financé dans le cadre du programme Horizon Europe. L'objectif de ce réseau est d'étudier les viroïdes qui causent des pertes de récoltes de plusieurs millions d'euros chaque année et affectent les rendements et la qualité des cultures dans le monde entier. ViroiDoc propose un programme de formation international, multidisciplinaire et intersectoriel comprenant un projet de recherche individuel, une formation dispensée par l'école doctorale et une formation spécifique à l'échelle du réseau ViroiDoc en matière de compétences scientifiques, techniques, numériques, entrepreneuriales et transférables. Pour plus d'informations, consultez le site www.viroidoc.eu.

Le candidat (H/F) sera inscrit à l'Ecole Doctorale des Sciences de la Vie et de la Santé de l'Université de Strasbourg (http://ed.vie-sante.unistra.fr/) qui propose de nombreuses formations techniques et transversales (108 heures de formation obligatoires). Au sein du laboratoire, le candidat (H/F) sera encadré(e) et formé par des post-doctorants expérimentés et un comité de suivi l'accompagnera tout au long de son projet de thèse.

Important : pour être éligible à ce poste, le candidat (H/F) ne doit pas avoir résidé ou exercé son activité principale dans une institution en France pendant plus de 12 mois au cours des 3 années précédant immédiatement la date de recrutement.
En outre, le candidat (H/F) doit être titulaire d'un master en biologie moléculaire et/ou cellulaire, être capable de communiquer en anglais à l'écrit et à l'oral (niveau B2 ou supérieur), et s'intéresser aux interactions plantes-pathogènes. Le candidat (H/F) doit avoir de l'expérience dans le clonage de l'ADN, les techniques analytiques (PCR, Westernblot, etc.) et la microscopie à fluorescence. Une expérience préalable dans le domaine des interactions plantes-pathogènes est un atout. Le poste implique des visites aux équipes collaboratrices en Argentine, en Grèce (Crète) et en Espagne. Le candidat (H/F) doit être disposé à voyager et à travailler jusqu'à un mois dans ces pays.

Pour être pris en considération, le candidat (H/F) doit également postuler au poste DC4 à l'adresse www.viroidoc.eu. Les candidats disponibles seront classés et interviewés par un comité de recrutement Viroidoc. Pour plus d'informations, consultez le site www.viroidoc.eu. Les candidatures doivent être soumises par voie électronique à l'aide du formulaire figurant sur le site web de ViroiDoc (www.viroidoc.eu). Les détails de l'appel et les lignes directrices à l'intention des candidats sont disponibles sur le site web de ViroiDoc (www.viroidoc.eu).