Description du sujet de thèse

Ce sujet de thèse s'intègre dans un programme, financé par l'ANR, portant sur l'étude d’une nouvelle modification post-traductionnelle (PTM) impliquant les protéines de la famille des ATG8.
Les PTM des protéines augmentent la diversité fonctionnelle du protéome et influencent presque tous les aspects de la biologie cellulaire et de la pathogenèse. Bien qu'elles fassent partie de la famille des ubiquitines, les protéines ATG8 sont plus généralement connues pour se lier à des phospholipides (une étape clé de l'autophagie) et non à des protéines.
Le caractère innovant de ce projet réside dans la caractérisation approfondie d'une nouvelle PTM, l'ATG8ylation de protéines, dont les fonctions restent à découvrir.
Les objectifs spécifiques de ce projet sont (i) de découvrir et de caractériser les répertoires de protéines conjuguées aux ATG8, (ii) d'identifier les enzymes impliquées dans ce processus et (iii) de comprendre la régulation de l'ATG8ylation des protéines. Le mécanisme moléculaire et les fonctions cellulaires de l'ATG8ylation seront également recherchés.
La réalisation de ce projet impliquera l'utilisation d'une combinaison d'approches protéomiques avancées, de criblage génétique et de biologie cellulaire. Pour ce faire, la/le candidat(e) utilisera des techniques classiques telles que la culture cellulaire, le clonage et la mutagenèse dirigée, le Western-Blot, l'établissement de cellules stables à l'aide de lentivirus, ainsi que l'immunofluorescence et la microscopie confocale, la LC-MS/MS après purification, le criblage CRISPR/Cas9 et les approches d'essai BiFC.

Contexte de travail

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay composée de près de 600 personnes. L'unité est constituée d’une soixantaine d’équipes de recherche réparties dans 5 départements scientifiques (Biologie des Génomes, Biologie Cellulaire, Virologie, Microbiologie, Biochimie/Biophysique/Biologie Structurale). Leur activité est soutenue par 17 plateformes technologiques de haut niveau et des services support et soutien mutualisés.
La/le candidat(e) sera intégré(e) à l'équipe "Autophagie et immunité antivirale" au sein du département de Virologie de l’I2BC. L'équipe est située dans un nouveau bâtiment de l'institut sur le campus de Gif-sur-Yvette. L'équipe est composée de 11 personnes (1 PU, 1 DR, 3 MCU, 1 IR, 1 IE, 3 doctorants et 1 AI).
Une partie de nos thématiques de recherches se concentrent sur les interactions hôte-pathogènes et plus particulièrement les mécanismes cellulaires, tel que l’autophagie, détournés par les virus pour se propager et/ou échapper aux réponses immunitaires innées et adaptatives.
La/le doctorant(e) sera formé(e) et encadré(e) par le directeur de thèse (MCU) avec l'aide des autres membres de l'équipe. Elle/il bénéficiera de l'expertise en biologie cellulaire/moléculaire, virologie et autophagie développée au sein de l'équipe. Elle/il aura accès aux formations et à l'équipement des plateformes de l'I2BC.

Informations complémentaires

Compétences attendues:
- aptitudes pour le travail expérimental (biologie cellulaire, biochimie, ...)
- autonomie et capacité organisationnelle
- bonnes aptitudes de communication orale et écrite
- maîtrise de la langue anglaise, (maitrise du français non requise)
- connaissances en imagerie cellulaire ou criblage CRISPR/Cas9 serait un plus

La/le doctorant(e) aura des réunions hebdomadaires avec le directeur de thèse et présentera son travail lors de réunions de laboratoire au sein de l'équipe. Elle/il présentera également son travail et des articles de la littérature lors des réunions hebdomadaires du département de Virologie. Un comité de thèse se réunira une fois par an pour évaluer l'avancement des travaux.