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CDD Doctorant sur les interactions rhizobium-légumineuses, approches expérimentales et génomiques, fonctionnelles et évolutives (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : vendredi 14 mai 2021

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Informations générales

Référence : UMR9198-BENALU-002
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : vendredi 2 avril 2021
Nom du responsable scientifique : Peter Mergaert
Type de contrat : CDD Doctorant/Contrat doctoral
Durée du contrat : 36 mois
Date de début de la thèse : 1 octobre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2 135,00 € brut mensuel

Description du sujet de thèse

Les plantes légumineuses obtiennent de l'azote via la symbiose qu'elles établissent avec des bactéries telluriques diazotrophes appelées rhizobia. Dans cinq clades de légumineuses, les plantes ont coopté de manière indépendante une stratégie d'exploitation, au cours de laquelle les rhizobia subissent un programme de différenciation cellulaire extrême, associé à un bénéfice accru pour la plante. Nous avons montré que, dans deux de ces clades, les plantes utilisent des peptides antimicrobiens pour déclencher la différenciation, et que les bactéries nécessitent un transporteur de peptides pour supporter ce stress. Le mécanisme en jeu chez les autres plantes « exploiteuses » n'a pas encore été étudié. Dans ce projet, nous voulons tester l'hypothèse selon laquelle une coévolution convergente a eu lieu dans les différents couples plante/bactérie, aussi bien au niveau moléculaire que phénotypique. Pour ce faire, l'étudiant.e en thèse combinera des analyses de génomique évolutive avec des tests fonctionnels, apportant ainsi des arguments expérimentaux aux questionnements fondamentaux quant à la répétabilité de l'évolution, tout en générant de nouveaux outils dans une optique d'ingénierie de l'efficacité symbiotique.

Contexte de travail

Ce projet de thèse interdisciplinaire sera coencadré par des biologistes spécialisés dans l'analyse fonctionnelle des interactions plantes-microorganismes (I2BC, CNRS Université Paris Saclay) et des experts en biologie de l'évolution (ESE, CNRS Université Paris-Saclay). Ce projet comprend également une collaboration avec un laboratoire canadien (Queen's University, Canada). L'étudiant.e partagera son temps entre ces trois laboratoires (avec une majorité du temps passée en France et quelques séjours au Canada), avec des compétences complémentaires allant de la biologie moléculaire et cellulaire aux sciences de l'évolution. Le CNRS et l'Université Paris-Saclay sont des institutions de recherche de premier plan au niveau international.
Idéalement le(a) candidat(e) a de solides connaissances sur l'évolution moléculaire et un intérêt pour les interactions symbiotiques ainsi qu'un goût pour les approches expérimentales et bioinformatiques.
L'unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est une unité mixte de recherche CNRS - Université Paris-Saclay - AgroParisTech, qui conduit des recherches en écologie et évolution qui visent à étudier l'origine et la dynamique de la biodiversité ainsi que l'évolution et le fonctionnement des écosystèmes. L'unité est localisée sur le campus scientifique d'Orsay de l'Université Paris-Saclay et compte 125 personnes. L'étudiant.e travaillera au sein de l'équipe “Génétique et écologie évolutives” composée d'1 DR, 1 CR, 1IR, 1 IE, 2 MdC, 4 post-doc, 3 doctorant.e.s.
L'Institut de biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) est une UMR CNRS - CEA - Université Paris-Saclay de plus de 700 personnes dont l'objectif est de contribuer au développement des connaissances sur les mécanismes régissant la vie à l'échelle cellulaire et moléculaire. L'étudiant.e travaillera au sein du Département de Microbiologie dans l'équipe “Interactions Plantes-Bactéries” composée de 3 DR, 1 CR, 1 MdC, 1 IR, 4 étudiant.e.s de thèse, 1 AI.
Le Département de Biologie de la Queen's University (Kingston, Canada) est un centre de recherche qui compte 32 enseignants-chercheurs pour un total d'environ 150 personnes. Il est situé à Kingston, Ontario. L'étudiant.e travaillera au sein de l'équipe de “Biologie des Systèmes” qui est composée de 1 prof. assistant, 2 thésards.

Contraintes et risques

Risques possible liés à un travail en laboratoire, comme l'exposition à un rayonnement laser (microscopie confocale), ou à des produits intercalants (Bromure d'Ethidium).

Informations complémentaires

Les candidats doivent déposer (1) une lettre de candidature expliquant leur motivation et leurs travaux de recherche, et incluant un paragraphe sur les questions ou approches sur lesquelles l'étudiant.e aimerait idéalement se concentrer, et (2) un CV complet, auquel on adjoindra les noms et coordonnées de deux référents et les relevés de notes universitaires.

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