Description du sujet de thèse

Les vecteurs AAV (virus adéno-associés) sont aujourd’hui parmi les plus utilisés en thérapie génique. Leur production repose sur l’utilisation de plasmides transfectés dans des cellules hôtes. Cependant, l’ADN plasmidique exogène est souvent reconnu et réprimé par des mécanismes cellulaires intrinsèques, réduisant ainsi l’efficacité de la bioproduction.
Cette thèse vise à identifier les protéines de l’hôte impliquées dans la reconnaissance, la répression transcriptionnelle et la dégradation de l’ADN plasmidique, afin de mieux comprendre les barrières moléculaires à la production de vecteurs AAV.
Le doctorant ou la doctorante s’intéressera aux interactions entre les plasmides et des facteurs de restriction connus (comme cGAS, IFI16, NP220 ou le complexe HUSH), et cherchera à comprendre leur rôle dans la stabilité et la transcription de l’ADN plasmidique. Les objectifs du projet sont :
• Analyser l’expression des facteurs de l’hôte impliqués dans la réponse à l’ADN exogène,
• Identifier les protéines associées aux plasmides par des approches de protéomique ciblée (PICh),
• Invalider les gènes d’intérêt par CRISPR-Cas9 ou shRNA pour évaluer leur impact fonctionnel,
• Concevoir des lignées cellulaires optimisées pour une production améliorée de vecteurs AAV.
Ce projet de thèse associe biologie moléculaire, transcriptomique, protéomique et ingénierie cellulaire. Il s’inscrit dans une dynamique interdisciplinaire impliquant des collaborations avec des experts en virologie, thérapie génique et technologies CRISPR.

Contexte de travail

Le projet s’inscrit dans le programme PEPR BBTI (projet REPLIBIO) et sera mené au sein de l’Institut de Génétique Humaine (IGH – UMR 9002, CNRS et Université de Montpellier), un centre de recherche reconnu pour son excellence en biologie fondamentale, en particulier dans les domaines de la dynamique du génome, de la régulation épigénétique, de la génétique du développement et des pathologies cellulaires et moléculaires.
Le doctorant ou la doctorante sera intégré(e) à l’équipe de Monsef Benkirane, et travaillera en collaboration avec deux autres équipes de l’IGH (Philippe Pasero et Jihane Basbous), ainsi qu’avec des partenaires extérieurs, notamment le Centre de Biologie Structurale (équipe de Marcelo Nollmann) et le Généthon.
L’IGH regroupe environ 230 personnels répartis dans 21 équipes de recherche et dispose d’un environnement scientifique stimulant, riche en expertises et plateformes technologiques. Le poste implique un travail à temps plein en laboratoire de biologie moléculaire et cellulaire, avec le respect des normes de sécurité (port d’équipements de protection individuelle obligatoire, formation à l’utilisation de la radioactivité si nécessaire).

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Laboratoire de recherche biologique, travail avec risque biologique, chimique.