Description du sujet de thèse

Des paysages fonctionnels aux « espèces indicatrices » : intégrer la génomique et les données microbiologiques chronologiques pour prédire les fonctions communautaires

Contexte de travail

Travaux théoriques développés aux seins des groupes de Silvia De Monte (IBENS) et Daniel AMOR (LPENS et IAME-INSERM). Le/la candidat/e devra s’intégrer aux seins des deux groupes et répartissant son travail entre les deux. La partie expérimentale se développera à IAME-INSERM (campus de l’Hôpital Bichat), où le groupe de Daniel Amor a son laboratoire de microbiologie.

Analyser des données de mesures bactériologiques (densité optique, fluorescence, morphologie des colonies, métagénomique, etc.).
Conception et développement des modèles théoriques pour la dynamique des microbiennes naturelles et de laboratoire.
Simulation des communautés in silico et analyse de ses tendences dynamiques à des niveaux individuel et statistique.
Développer des techniques d’analyse pour évaluer l’impact des antibiotiques sur les communautés bactériennes.
Choisir et adapter les protocoles pour cultiver des communautés bactériennes, mesurer les taux de croissance et aussi la résistance, tolérance et persistance chez les isolats naturels impliquées dans l'expérience.
Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, les techniques de bactériologie pour étudier la colonisation et la persistance des souches antibiorésistantes sur différentes communautés expérimentales.
Participer à la formation et l'échange de connaissances avec les étudiants et autres membres de l’équipe.


- Analyse statistique de données du microbiote après une exposition aux antibiotiques et d’autres traitements thérapeutiques
- Analyse bio-informatique à partir des données de génomique de communautés bactériennes
- Modélisation de la dynamique des communautés bactériennes en utilisant des équations différentielles ordinaires
- Réaliser les techniques de base de bactériologie (cultures mono et polymicrobiennes, mesures de taux de croissance, antibiogramme, etc.)
- Participer aux expériences in-vitro dans un modèle de communauté bactérienne exposée à l’invasion d’une ou plusieurs souches antibiorésistantes.
- Participer à l'organisation quotidienne du laboratoire

Contraintes et risques

- Risque lié aux agents biologiques
- Risque lié aux équipements de travail (matériel dangereux, sous pression, outils vibrants, Equipements de Protection Individuelle - EPI contraignants...)
- Risque lié au travail sur écran (ergonomie...)