Post-doctorat (H/F) en développement de méthodes d'apprentissage automatique pour les données omiques unicellulaires

Description du Poste

Les Missions

Les technologies de séquençage à haut débit à cellule unique génèrent des volumes sans précédent de données moléculaires à résolution cellulaire, ouvrant de nouvelles voies pour l’application de l’apprentissage automatique aux problèmes biologiques fondamentaux. Le postdoctorant (H/F), qui sera recruté pour rejoindre l’équipe Machine Learning for Integrative genomics de l’Institut Pasteur dans le cadre du ERC Starting Grant MULTIview-CELL, travaillera sur le développement d’un modèle de tissu virtuel reliant la communication cellule-cellule et les interactions gène-gène en exploitant les données transcriptomiques spatiales et les approches théoriques des réseaux.
Date de début du contrat : 1er mai 2026 ou après en fonction de votre disponibilité

L'Activité

Activités :
- conception d'une nouvelle méthode mathématique
- veille documentaire de publications pertinentes pour le domaine
- programmation/codage en Python (Pytorch)
- présentation des résultats obtenus en conférence
- interaction avec les membres de l’équipe et les collaborateurs internationaux

Votre Profil

Compétences

Diplôme : Doctorat en informatique, en apprentissage automatique ou en biologie computationnelle

Nous attendons d'un candidat qu'il dispose d'une solide expérience en apprentissage automatique ou en statistiques. Le candidat doit également maîtriser des langages de programmation comme Python. La familiarité avec les données unicellulaires et l'expérience avec les méthodes et les logiciels existants pour les cellules uniques représenteraient un fort avantage. D'excellentes compétences en communication et un esprit d'équipe, ainsi qu'une capacité à travailler en autonomie sont essentiels. Un anglais courant, tant à l'oral qu'à l'écrit, est requis.

Votre Environnement de Travail

L'équipe Machine Learning for Integrative Genomics (https://research.pasteur.fr/en/team/machine-learning-for-integrative- genomics/) de l'Institut Pasteur, dirigée par Laura Cantini, travaille à l'interface de l'apprentissage automatique et de la biologie (outils développés par l'équipe : https://github.com/cantinilab). L’équipe est composée de 8 personnes : 3 doctorants, 3 post-doctorant, 1 Ingénieur de recherche et 1 assistante. L’équipe est associée au département de biologie computationnelle de l'Institut Pasteur, à l'UMR3738 et à l'Institut d'intelligence artificielle PRAIRIE. L’équipe a récemment remporté un financement ERC StG qui fait l'objet de ce recrutement. Le candidat recruté sera placé sous l'autorité hiérarchique de Laura Cantini.

MULTIview-CELL ERC StG :
- https://www.ins2i.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/laura-cantini-un-projet-erc-starting-grant-linterface-entre-apprentissage-automatique-et
- https://research.pasteur.fr/en/project/multi-viewcell/

Rémunération et avantages

Rémunération

3 131,32€ et 4 806,76€ brut mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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